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35Biomedicina na prática: da teoria à bancada SUMÁRIO 10. Enquanto a máquina aquece, terminar de preparar a pós adicionando a enzima na pós. Manter o tubo no gelo até a hora de pipetar, pois pode ocorrer a formação de dímeros de primers; 11. Após a desnaturação inicial dar PAUSE no programa, abrir a máquina retirar os tubos colocando-os no gelo por 1 minuto; 12. Adicionar 10 µL da pós em cada tubo ( sempre trocar de ponteira ); 13. Fechar os tubos e colocar novamente na máquina; 14. Apertar UNPAUSE; 15. O programa pode ficar de um dia para outro na máquina. Observe: Cuidar para os tubos estarem bem fechados e sem bolhas, pois isso pode prejudicar a reação de PCR. Programa para amplificação do gene VEGF 1- Desnaturação inicial: 94°C 5min 35 ciclos de: 2- Desnaturação: 94°C 1min 3- Anelamento: 60°C 1min 4- Extensão: 72°C 2min 5- Extensão final: 72°C 5min 6- END ou manter na máquina 10° por 24h. Analisar a amplificação através da técnica de eletroforese em gel de agarose a 2% corado com brometo de etídeo. Responda as seguintes perguntas: 1) Quais as aplicações da técnica de PCR para a área da saúde? 2) O que são primers? Como se obtém? 3) Por que a enzima Taq DNA polimerase é adicionada sempre por último? 4) Como se garante a especificidade da reação de PCR evitando a contaminação e resultados falsos positivos ou falsos negativos? 5. PRÁTICA: Eletroforese de ácidos nucleicos em gel de agarose Uma propriedade das cargas elétricas em solução é que quando uma diferença de potencial é aplicada à solução - ou seja, quando os polos de uma bateria são conectados à solução as cargas positivas são atraídas pelo polo negativo e as cargas negativas, pelo polo positivo, deslocando-se em direção a eles. Os ácidos nucleicos, como são carregados negativamente, propriedade conferida pelo grupamento fosfato, e desta forma migram em direção ao polo positivo. Essa migração das cargas quando são submetidas a uma diferença de potencial é chamada de eletroforese. A eletroforese deve ser realizada em matrizes rígidas, como os géis de agarose e poliacrilamida para minimizar alterações que a solução na qual a corrente elétrica será aplicada poderia sofrer. O principal fator que deve ser observado na técnica é o tamanho do fragmento a ser analisado, pois isso interfere em sua velocidade de migração. Em geral, quanto maior a macromolécula, menor a sua velocidade de migração 36Biomedicina na prática: da teoria à bancada SUMÁRIO em direção ao polo de sinal oposto e vice-versa. Desta forma quanto maior o fragmento a ser analisado, menos concentrado deve ser o gel, pois isso limitaria sua migração. Se o fragmento for menor, o gel deve ser mais concentrado, pois sua velocidade de migração será maior. Materiais: - Cuba de eletroforese; - Fonte de energia; - Suporte para gel com pente; - Erlenmeyer ou Becker; - Proveta; - Pipetador automático P20; - Ponteiras amarelas; - Plástico-filme; - Forno micro-ondas; - Balança de pesagem; - Papel alumínio; - Tampão TBE1x; - Brometo de etídio em solução de 2mg/mL; - Amostra de PCR; - Tampão de carregamento (ou de corrida); - Marcador de peso molecular (em geral se usa de 100 pares de bases); Preparo de TBE 10X Para 1 litro: - 1 litro de água destilada (Mili-Q) - 55 g de ácido bórico; 108 g de trisbase; 9,25 g de EDTA Pesar os sais e dissolvê-los em parte da água (em um becker, com barrinha magnética) O pH deve ser 8,6. Verificar com a fita de pH, que deve estar entre 8 e 9 Distribuir em duas garrafas de meio litro e autoclavar. Deixar esfriar e estocar em temperatura ambiente. Obs.: se o pH não estiver entre 8 e 9, desprezar o tampão e fazê-lo novamente. Preparo de brometo de etídio 2 mg/mL - 70 mg de brometo de etídio - 35 mL de água sem DEPC Colocar o brometo e a água em um tubo falcon de 50 mL e fechar bem. Agitar no vórtex. Embalar o tubo com papel alumínio e estocar em temperatura ambiente.