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31Biomedicina na prática: da teoria à bancada SUMÁRIO 4. Adicional 0,2 mL de Clorofórmio PA; 5. Agitar por 15 segundos no vórtex; 6. Deixar 3 minutos em temperatura ambiente; 7. Centrifugar 12.000xg por 15 min – 4ºC; 8. Pipetar a fase aquosa para um tubo limpo e identificado; 9. Adicionar 0,5 mL de Propanol (álcool isopropílico); Dica: para um melhor rendimento do RNA isolado, sugere-se interromper o procedimento, deixando a amostra a -20°C overnight (12 a 24h). Caso não seja necessário, pode-se proceder para a etapa 10. 10. Centrifugar 12.000 g por15 min – 4ºC; 11. Desprezar sobrenadante (o RNA precipita formando um pellet como um gel); 12. Adicionar 1 mL de etanol 75% gelado; 13. Centrifugar 8.000 xg por 10 min – 4ºC; 14. Desprezar sobrenadante; 15. Secar o tubo e o pellet . Deixar o tubo escorrendo e após usar o cotonete para secar o tubo, sem tocar no pellet; 16. Adicionar H2O DEPC (~ 20- 40 µL depende do tamanho do pellet); 17. Deixar em banho-maria por 10 min – 60ºC; 18. Deixar 1 minuto no gelo; 19. Fazer spin 4.000 rpm (deixar sempre no gelo a partir de agora); 20. Estocar a -80°C ou realizar a quantificação antes de estocar. Responda as perguntas a seguir: a) Pra que extrair RNA de uma célula? b) Quais as vantagens/desvantagens de trabalhar com RNA, se comparado ao DNA? c) Quais as principais diferenças entre os princípios da técnica de extração de DNA e a do RNA? d) Qual a função do reagente fenol? Em qual fase durante o processo de extração fica o RNA e em qual se encontra o DNA e proteínas? e) O RNA depois de isolado deve ser acondicionado no freezer a -70 graus Celsius. Por quê? 3. PRÁTICA: Quantificação de ácidos nucleicos Antes de utilizar o ácido nucleico recomenda-se quantificar para verificação de Pureza e Quantidade. O Protocolo de quantificação: depende do aparelho utilizado, pode ser feito por análise do comprimento de onda ou detecção de fluorescência. 32Biomedicina na prática: da teoria à bancada SUMÁRIO Quantificação por comprimento de onda As amostras de DNA ou RNA obtidas no laboratório devem ser avaliadas quanto à sua concentração e à sua pureza por meio da densidade óptica (DO) em espectrofotômetro. O DNA e o RNA absorvem luz no comprimento de onda de 260 nm e as proteínas, de 280 nm. Materiais: - Pipetadores de todos os volumes; - Caixas de ponteiras azuis, amarelas e cristal; - Microtubos eppendorf de 2,0 mL; - Estante para microtubos; - Água ultrapura tratada com DEPC (dietilpirocarbonato); - Frasco para descarte; - Isopor com gelo; - Agitador de tubos do tipo vórtex - EPIs (Luvas de látex, máscara, avental) - Cubeta de quartzo Procedimentos: 1. As amostras de DNA ou RNA devem ser preparadas (diluídas) com água ultrapura, onde, por exemplo: 10 µL de DNA em 490 µL de água (diluição 1:50) ou 5 µL de DNA em 495 µL de água (diluição 1:100) ou de acordo com o volume necessário para leitura no equipamento. 2. Neste caso, utilizando como exemplo a diluição 1: 500, deve-se pipetar em um tubo eppendorf 499 µL de água e, posteriormente, 1 µL de DNA ou RNA. 3. Agitar no vórtex por 15 segundos e proceder a quantificação. Recomenda-se fazer sempre em duplicata ou triplicata. 4. Zerar o aparelho com o branco (somente água ultrapura tratada com DEPC). 5. Quantificar as amostras no comprimento de onda de 260 nm e fazer o cálculo da concentração, conforme a fórmula abaixo: [ ] RNA em µg/µL = média 260 X 40 X 500 = média 260 X 20 1000 Onde: 260= Absorbância 40= Densidade óptica do RNA, se for DNA usar 50 500= fator da diluição (neste caso 1: 500) 1000= conversão de mg para µg Dica: Para a concentração de DNA, basta multiplicar o valor da absorbância por 25 (se for a diluição 1:500). Para a concentração de RNA basta multiplicar o valor da absorbância por 20 (se for diluição 1:500).