O Ministério Público Federal é subordinado, administrativamente, ao Poder Executivo Federal?

Não. É um órgão independe, com poderes para fiscalizar, denunciar e também, por incluível que parece, não tem a finalidade de somente acusar, mas também de defender os direito nos processos que deva ser representado por ele.

 O Ministério Público Federal, assim como o Ministério Público brasileiro, não faz parte de nenhum dos três poderes (Executivo, Legislativo e Judiciário) e tem independência funcional assegurada pela Constituição Federal.