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Micro med
1) A microbiota humana é composta em sua maioria por bactérias, que em geral vivem em harmonia conosco, promovendo diversos efeitos benéficos. Eventualmente bactérias dessa microbiota podem causar graves doenças oportunistas.
a) Discuta dois aspectos benéficos provenientes da interação com bactérias da nossa microbiota.
As bactérias da nossa microbiota nos auxiliam em diversos aspectos ligados a nossa saúde, como exemplo: podemos citar as bactérias intestinais que auxiliam na degradação de fibras, presente nos alimentos que ingerimos e nos oferecem ácidos graxos de cadeia curta e que conseguimos utilizar.
Além disso, a microbiota intestinal estimula os enterócitos a absorverem íons e elas são capazes de metabolizar substancias cancerígenas que porventura, possam estar presentes na nossa alimentação. 
b) Comente sobre os fatores que predispõe ao surgimento de infecções oportunistas.
Podemos citar como fator que favorece as infecções oportunistas: Deficiência nutricional, doenças de bases metabólicas (ex: diabetes, câncer), portadores de HIV, tratamento com o uso de quimioterápicos contra o câncer, transplantados, por fim, pessoas que fazem tratamento com antibióticos, que podem ter um desequilíbrio em sua microbiota comensal e estar mais susceptível as bactérias patogênicas.
2) Dentre os patógenos humanos, alguns micro-organismos anaeróbicos se destacam devido a gravidade das doenças que causam. O gênero clostridium possui alguns representantes dessa classe. Clostridium tetani e Clostridium botulinum causam respectivamente o tétano e o botulismo, doenças desencadeadas por suas potentes neurotoxinas. Disserte brevemente sobre as vias de infecção e mecanismos de ação das toxinas de cada um desses organismos.
A via de infecção com o tétano é acidental ou neonatal. A infecção acidental ocorre em ferimentos de pele ou mucosa. As exotoxinas do Clostridium tetani, possuem tropismo pelas células nervosas do Sistema Nervoso Central (SNC) chegando à medula espinhal e tronco encefálico por transporte axonal retógrado, bloqueando a neurotransmissão e levando a excitabilidade do SNC. Já a infecção com o tétano neonatal, ocorre pela contaminação do coto umbilical com os esporos da bactéria, que podem estar presentes em instrumentos não esterilizados e utilizados para secção do cordão umbilical, como tesouras e fios para laqueadura do cordão. 
A via de infecção com o Clostridium botulinum, ocorre por meio de machucados, ingestão de alimentos contaminados, principalmente os enlatados e os que não têm preservação adequada. A toxina botulínica atinge o sistema nervoso, interferindo na sinapse (comunicação) entre as células nervosas. Assim, os sintomas de intoxicação por C.botulinum resultam na dificuldade na transmissão de estímulos nervosos, o que resulta em paralisia. 
3) No gênero Staphylococcus, a espécie S. aureus é mais associada a processos infecciosos.
a) Descreva os tipos de infecção que podem ser causados por cepas de Staphylococcus aureus. 
As infecções causadas pelo S. aureus podem ser infecções de pele como: o furúnculo, a foliculite, o terçol, a síndrome da pele escaldada estafilocócica , o impetigo bulhoso, a mastite puerperal e a celulite. Essas bactérias podem causar também, infecções graves como: sepse e choque séptico. Uma vez no sangue o S. aureus pode atingir qualquer órgão e causar endocardite, pneumonia, pielonefrite e a osteomielite.
As toxinas produzidas pelos S. aureus nos alimentos podem causar intoxicação alimentar.
Por fim, os S. aureus podem ser resistentes a alguns antibióticos, causando problemas para o seu tratamento.
b) Como podemos diferenciar o Staphylococcus aureus das demais espécies desse gênero?
Podemos diferenciar o S. aureus , através da observação de colônias presentes no Agar sangue que ficarão com a pigmentação amarela após o período de incubação. Alem disso, essas bactérias podem crescer em concentrações muito altas de NaCl, diferentemente de outras bactérias. Por fim, podemos usar o Agar manitol salgado e controlar o pH do meio, pois após a fermentação do manitol, a bactéria produz acido, deixando o pH mais baixo.
4) O sistema de secreção do tipo III (T3SS) é importante para a patogênese de diversos virotipos de E.coli e Shigella ssp,. Utilizando os exemplos descritos na aula, explique como funciona esse mecanismo de virulência. Qual o seu efeito no epitélio intestinal do hospedeiro? 
O sistema de secreção é comumente encontrado em enteropatógenos. Sistemas de secreção são dispositivos moleculares que permitem as bactérias exportar para o interior das células hospedeiras, proteínas denominadas “efetoras”. Um dos sistemas muito bem descrito e encontrado em bactérias que infectam o trato gastrointestinal é o sistema de secreção tipo III, onde proteínas são introduzidas nas células hospedeiras por meio de uma “seringa molecular”. Uma vez no interior da célula, as proteínas efetoras interagem com domínios de proteínas do hospedeiro, por meio da fosforilação ou transferência de resíduos, que, em geral, resulta em uma cascata de reação que promovem modificações no citoesqueleto da célula hospedeira, a morte célula programada, a progressão do ciclo celular, o trafego endocítico e a expressão gênica. 	
5) Em relação a enzima urease, que é um fator de virulência de Helicobactrer pylori, assinale com “verdadeiro” ou “falso” e justifique as alternativas falsas:
(V) a – A enzima urease é essencial para a virulência de H. pylori e cepas não produtoras da enzima são menos patogênicas.
(F) b – A enzima urease é responsável pela degradação da ureia, tornando o ambiente mais acido e causando danos a mucosa.
O ambiente se torna mais básico, permitindo a colonização da bactéria na mucosa.
(F) c – A enzima urease pode ser utilizada em testes de diagnósticos para H pylori. Sua utilidade, porém, é restrita a testes invasivos envolvendo material de biopsia colhido por endoscopia.
Pode ser feito também o teste respiratório, onde o paciente faz a ingestão de ureia marcada com C 13 ou C 14, se houver a presença de bactérias será liberado CO2 que quando absorvido na circulação sanguínea é eliminado no ar expirado em um intervalo de tempo de aproximadamente 5 minutos. 
(V) d – O “teste do bafo” ou “teste respiratório” é feito após a ingestão de uma capsula com ureia marcada com carbono 14.
6) – Uma paciente de 47 anos, pesando 65 kg, dá entrada na emergência de um hospital apresentando câimbras pelo corpo, dor abdominal e diarreia descrita como “água de arroz”e, no exame laboratorial, apresentou hipocalcemia.
a) – Qual a doença que a paciente apresenta e qual seu agente etiológico?
A doença é a cólera e o seu agente etiológico é o Vibrio cholerae 
b) – Qual o tratamento preconizado para casos graves?
Reposição de águas e eletrólitos rapidamente para corrigir a desidratação e essa reposição pode ser feita de forma oral ou intravenosa.
c) – Descreva o mecanismo de ação e o principal fator de virulência desse patógeno.
O principal fator de virulência do V. cholerae é a toxina colérica, essa toxina é formada por duas partes (AB) e é responsável por causar diarreia no hospedeiro, através de mecanismos efetores que estimulam as células do hospedeiro a eliminar eletrólitos e por conseguinte água por causa da osmose.
7) – Você é o farmacêutico de um importante laboratório de análises clinicas onde ser realizam diversos testes de susceptibilidade aos antimicrobianos (TSA) e testes para identificação de espécies. Em um determinado dia você semeou uma amostra de swab de orofaringe em meio ágar-sangue e observou o crescimento de colônias bacterianas. Essas colônias se apresentam como cocos Gram-positivos em esfregaço corado com coloração de gram.
a) Descreva quais são os testes bioquímicos realizados para diferenciação das espécies Staphylococcus aureus e Streptococcus pyogenes. 
Podemos usar o teste da catalase, porque o teste vai detectar se o isolado produz a ezima catalase ou não (em caso de positivo – são bactérias do gênero staphylococcus ese der negativo são do gênero streptococcus). 
b) Que metodologias (TSA) podem ser empregadas para determinar se essa cepa é resistente a antimicrobianos?
Podemos usar a técnica do disco de fusão que consiste em inocular a espécies bacterianas que queremos testar, em uma placa de ágar e colocar sobre essa placa até 12 discos de papel filtro, que estão impregnados com soluções fixas de antimicrobianos e após a incubação das colônias por aproximadamente 16 a 24 horas, deve-se medir o diâmetro dos halos para verificar se a cepa bacteriana é resistente ao antimicrobiano ou não. Os resultados do teste de disco-difusão são interpretados comparando o valor do halo de inibição com os critérios publicados pelo CLSI. Desta maneira, as amostras bacterianas são categorizadas em sensíveis, resistentes ou intermediárias.
Além dessa metodologia de (TSA) podemos citar: Etest, Ágar–diluição, microdiluição em caldo e etc. 
8) Paciente do sexo feminino de 25 anos, realizou mamoplastia em abril de 2017 numa clinica privada. Dois meses após cirurgia, a paciente apresentou edema na mama esquerda com aparição de nódulos e abscessos com secreção purulenta na região da aréola. A sorologia para HIV da paciente foi negativa e não indica nenhuma outra doença. Foi realizada cultura da secreção purulenta com swab, sendo o material semeado em Agar sangue e se observaram colônias com beta-hemólise. O micro-organismo foi identificado como Staphylococcus aureus, sensível a todos os antibióticos testados e iniciado o tratamento com cefalexina.
Após duas semanas de tratamento a paciente não apresentou melhora e mantinha secreção purulenta e coleção subcutânea. Com isso, foi coletada uma nova amostra de secreção do nódulo mediante punção aspirativa.
a) Por que a infecção não foi eliminada após o tratamento contra S.aureus? Qual seria o envolvimento ou papel desse micro-organismo no caso clinico?
Além da infecção por staphylococcus aureus a paciente pode estar infectada com uma outra bactéria oportunista do gênero streptococcus. O envolvimento do S aureus seria o aparecimento do abscesso e inflamação.	
b)Qual(is) outro (s) micro-organismo(s) você sugeriria como agente (s) causal(is) da infecção?Indique espécie , possível tempo de crescimento e aparência das colônias em meio sólido. 
Podemos sugerir como agente causal da infecção o S. pyogenes, o tempo de crescimento das colônias que é 18-24 horas e o agrupamento tem como aparência a formação de um halo claro ao redor da colônia, indicando lise total das hemácias, colônias pequenas, puntiformes e de cor branca –acinzentada.
c) Baseado na resposta anterior (b), como você realizaria o diagnostico no laboratório de microbiologia? Quais técnicas microbiológicas e meios de cultura utilizaria?
Cultivo em meio Agar-sangue com 5% de sangue desfibrinado de carneiro. 
Podemos fazer a identificação presuntiva através do teste da bacitracina se a colônia for resistente é um indicativo de ser beta hemolítico do grupo A,utilização do teste de pyr, para identificar a presença do carboidrato c, através do aparecimento da cor vermelha na placa que irá nos indicar o S. pyogenes.
Logo após a indicação do novo tratamento, a paciente informa ter entrado em contato com dois outros pacientes que fizeram cirurgia na mesma clinica e também apresentam lesões sugestivas de infecção após a cirurgia. 
d) como você investigaria a relação entre esses casos? Quais atividades realizaria levando em conta seus conhecimentos em epidemiologia e microbiologia? 
Podemos coletar amostras desses pacientes que estão com a infecção pós-cirúrgica e realizar uma analise do genótipo das bactérias amostradas, através da eletroforese de campo pulsante. Ao avaliarmos o resultado e identificarmos como sendo bactérias idênticas, como estão relacionados epidemiologicamente, provavelmente estamos lidando com um surto.