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1. Introdução As enzimas são catalisadores biológicos extremamente eficientes, sendo capazes de acelerar uma reação química em até um milhão de vezes devido à alta especificidade aos seus reagentes (chamados de substratos). Todas as enzimas são proteínas, com exceção de um pequeno grupo de moléculas de RNA, chamado de Ribozimas. Sua atividade catalítica depende da integridade da sua conformação proteica nativa, em caso de desnaturação da enzima ou dissociação das suas subunidades, ela perde a sua atividade catalítica, ou seja, sua conformação estrutural tridimensional é essencial para que as enzimas possam exercer a catálise. Algumas enzimas somente necessitam dos seus resíduos de aminoácidos para exercer sua função, porém, outras dependem de outros grupos químicos para tal, denominados cofatores. Cofatores podem ser divididos em metais (íons inorgânicos) e pequenas moléculas orgânicas, as coenzimas, essas comumente derivam de vitaminas, agem como carreadores transitórios de grupos funcionais específicos e podem se ligar à enzima de maneira firme ou frouxa. Quando estão ligadas firmemente as coenzimas são chamadas de grupos prostéticos e, quando frouxas, são semelhantes a cossubstratos pois são capazes de se ligar à enzima e serem liberados dela. Quando uma enzima está ligada ao seu cofator é chamada de holoenzima e quando apresenta somente a sua estrutura proteica é denominada apoenzima. Devido aos diversos nomes que eram dados a uma enzima (baseados no nome dos seus substratos, à sua atividade etc.) definiu-se um sistema internacional de nomenclatura para que ambiguidades fossem evitadas e para que um padrão classificatório fosse estabelecido. Esse divide as enzimas em seis classes baseado no tipo de reação catalisada por elas, cada uma dessas classes contém várias subclasses. Portanto, cada enzima possui um número de classificação de quatro partes e um nome sistemático, que indicam qual reação é catalisada pela mesma. Tais classes são: Oxidorredutases (reações de oxirredução); Transferases (reações de transferência de grupos); Hidrolases (reações de hidrólise onde há transferência de grupos funcionais para a água); Liases (quebra de ligações C-C, C-S e certas ligações C-N); Isomerases (transfere grupos dentro de uma mesma molécula formando isômeros) e Ligases (forma ligações entre carbono e O, S e N acopladas à hidrólise de ATP). A enzima utilizada neste estudo chama-se Fosfatase Alcalina e ela está inserida na categoria das hidrolases, onde a mesma retira grupos fosfato de diversas outras moléculas. Como já mencionado, as enzimas aceleram grandemente reações químicas, essas podem ocorrer espontaneamente, porém são muito lentas e sua catálise é essencial para os sistemas vivos. Para que uma reação ocorra, é necessário que as moléculas estejam em uma orientação exata e formem um produto intermediário instável, fatores que dificilmente acontecem no ambiente celular. As enzimas proporcionam um ambiente específico adequado para que essas reações possam ocorrer de forma mais rápida, esse, chamado de sítio ativo, é um bolsão na enzima formado por resíduos de aminoácidos com grupos nas cadeias laterais onde o substrato se liga. Quando ocorre a ligação do substrato ao bolsão enzimático tem-se um complexo enzima-substrato, sendo esse um complexo transitório em uma reação catalisada por uma enzima. A função de um catalisador é aumentar a velocidade de uma reação, não alterar o seu equilíbrio químico. Substratos (S) e produtos (P) possuem a sua própria contribuição de energia para o sistema (reação), chamado de estado fundamental e a diferença da energia desses estados reflete o equilíbrio entre S e P em uma reação. Normalmente a energia de P é menor do que a de S, caracterizando uma reação exergônica (negativa), favorecendo uma maior produção de P. Para que o substrato possa ser convertido em produto (ou o contrário) é necessário que a barreira energética existente entre esses dois estados seja superada e as moléculas atinjam um nível energético superior. Esse momento é denominado de estado de transição, pois é um momento onde ocorrem quebra e formação de novas ligações, não possuindo uma estabilidade significativa. É denominado energia de ativação a diferença entre o estado de transição e os níveis energéticos do estado basal. Quanto maior a energia de ativação mais lenta é uma reação, essa velocidade pode ser aumentada pela elevação da temperatura e pressão, que fará com que as moléculas tenham mais energia para superar a barreira energética, ou então essa energia de ativação pode ser reduzida, aumentando a velocidade da reação, tarefa essa executada pelos catalisadores, nesse caso, as enzimas. As enzimas não são consumidas em uma reação química e a energia liberada nessas reações é capaz de fazer parte de outras vias metabólicas. Durante uma reação catalisada por uma enzima, espécies químicas transitórias são formadas e consumidas e são denominadas de intermediários da reação, como por exemplo, os complexos enzima-substrato (ES) e enzima-produto (EP). A conversão de um intermediário da reação em outro que ocorre em sequência, como a transformação de S em P, caracteriza uma etapa da reação e, na existência de várias etapas, a velocidade final é determinada pela etapa com a maior energia de ativação, sendo essa chamada de etapa limitante da velocidade. Para que a enzima seja capaz de aumentar a velocidade de reações com tanta eficácia, é necessário que haja uma especificidade entre elas e seu substrato e que haja uma meticulosa distinção entre substratos muito semelhantes. As enzimas são capazes de fazer isso graças ao rearranjo de ligações covalentes que fazem com substratos (no sítio ativo) através de seus grupos funcionais, podendo assim ativar esse substrato para a reação. Além disso, ligações não covalentes entre enzima e substrato também se mostram muito importantes para a formação dos complexos proteicos específicos. Esses complexos, quando interagem, liberam uma energia de ligação e essa é a principal fonte de energia livre utilizada pelas livres para reduzir a energia de ativação das reações. Essa redução acontece pois as enzimas são complementares aos estados de transição do seu substrato. Quando a ligação entre os dois ocorre, somente uma parte do substrato é utilizada inicialmente na formação do complexo e, após essas primeiras ligações serem feitas haverá um aumento da energia livre para que seja atingido o estado de transição. Entretanto, a energia de ligação entre a enzima e seu substrato no estado de transição é capaz de compensar a energia livre necessária para atingir o respectivo estado, acarretando em uma redução da energia de ativação. Logo, as ligações não covalentes (mais fracas) são de extrema importância para que a catálise ocorra e a velocidade da reação aumente. Ademais, essa mesma energia de ligação fornece às enzimas a sua especificidade devido aos múltiplosrearranjos que os grupos funcionais das mesmas podem ter, que serão capazes de fazer uma grande variedade de interações com um único substrato específico. As enzimas dispõem de alguns mecanismos para superar as barreiras de reação e executar sua função, são elas: a redução da entropia, onde a energia de ligação manterá o substrato na posição correta para reagir, facilitando um processo que é normalmente raro; a dessolvatação do substrato pelas interações enzima-substrato, substituindo as ligações de hidrogênio que o mesmo faz com a água e que são capazes de impedir a reação; o ajuste induzido, em que a enzima sofre uma mudança conformacional quando ligada ao substrato e isso induz a formação de novas ligações fracas, aumentando a sua capacidade catalítica. Todo esse mecanismo enzimático pode ser estudado através da determinação da velocidade das reações que são catalisadas e como elas são alteradas por mudanças de parâmetros experimentais, esse estudo é chamado de cinética enzimática. Em um meio reacional, a concentração de S é capaz de alterar a velocidade das reações catalisadas pelas enzimas, porém, no decorrer desse processo essa concentração varia pois gradativamente esse substrato vai sendo convertido em produto e consequentemente a velocidade da reação vai sendo reduzida concomitantemente. Um método utilizado para superar esse problema é a determinação da velocidade inicial (V0), onde apenas concentrações muito pequenas de substrato (que estão presentes em quantidade até seis vezes maiores que as enzimas) serão convertidas em produto, não alterando o mesmo significantemente, podendo até considerar a sua concentração constante. Uma forma de identificar o V0 de uma reação é observando o aumento do volume de produto formado em função do tempo, onde o mesmo aumenta gradualmente até um momento em que o equilíbrio é atingido e as concentrações de S e P praticamente não sofrem mais nenhuma mudança, logo, V0 pode ser definido pela concentração de produto quando a reação está começando. Gráfico 1 - quantidade de produto por tempo com diferentes concentrações de substratos em que a tangente traçada no tempo inicial indica V0. Fonte: Stryer, 2014 V0, quando determinada, pode ser analisada em função da concentração de substrato, [S]. Quando a concentração de enzimas é constante e somente a de substrato é alterada, afere-se que quando as concentrações de S estão baixas, V0 aumenta quase que linearmente conforme [S] aumenta e que quando S está em concentrações muito elevadas e progredindo V0 aumenta em pequenas quantidades até atingir uma região de platô, onde seu aumento se torna insignificante. Nessa região é definida a velocidade máxima da reação, Vmáx. Esse comportamento catalítico é explicado por uma teoria de ação de enzimas postulada por Leonor Michaelis e Maud Menten, que explica que primeiramente a enzima se combina com o substrato de forma reversível em uma etapa rápida, formando o complexo enzima-substrato, [ES] e em seguida, esse complexo é rompido em uma etapa mais lenta liberando enzima e produto. Essa segunda etapa, por ser mais lenta, limita a velocidade total da reação, logo, essa velocidade deve ser proporcional à concentração do complexo [ES]. No início de uma reação, quando [S] é baixa, a enzima existe em uma forma não combinada (E) e, portanto, a velocidade será proporcional à concentração de substrato no meio já que o equilíbrio está sendo deslocado para formação de [ES]. Porém, essa concentração de substrato vai aumentando e em determinado momento quase toda enzima estará como complexo ES e a quantidade de E será desprezível indicando uma “saturação” da enzima, nesse momento têm-se Vmáx. Gráfico 2 - V0 em função da concentração de substrato [S] indicando a região de Vmáx. Fonte: Stryer, 2014 A curva que expressa essa relação entre [S] e V 0 tem o mesmo perfil para a maioria das enzimas (aproximadamente uma hipérbole retangular) e pode ser expressa algebricamente pela equação de Michaelis-Menten, que define, portanto, uma equação da velocidade da reação com um único substrato catalisada por uma enzima: Imagem 1 - Equação de Michaelis-Menten. Fonte: Lehninger, 2014 Onde: V0 = Velocidade inicial Vmáx = velocidade máxima [S] = concentração de substrato Km = constante de Michaelis A constante de Michaelis (Km) utilizada nessa equação tem dois significados: equivale à concentração de substrato em que V 0 é igual a metade de Vmáx e é igual à constante de dissociação do complexo ES. Um valor de Km alto indica uma ligação forte enquanto que um valor baixo indica uma ligação fraca, caracterizando situações de baixa e alta afinidade da enzima pelo substrato, respectivamente. A partir da equação de Michaelis-Menten, determinar valores precisos para K m e Vmáx era impossível, já que Vmáx possuía um valor aproximado de modo assintótico e Km era calculado a partir desse valor. No entanto, existe uma maneira mais precisa de determinar Vmáx e Km transformando a equação anterior em uma nova que apresenta um gráfico em linha reta. Essa nova equação é denominada equação de Lineweaver-Burk e o gráfico gerado é chamado de duplo-recíproco. Imagem 2 - Equação de Lineweaver-Burk. Fonte: Lehninger, 2014 Neste gráfico, a inclinação da reta corresponde a K m/V máx, a intersecção no eixo vertical é 1/ Vmáx e a intersecção no eixo horizontal é -1/Km. Gráfico 3 - Duplo-Recíproco. Fonte: Stryer, 2014 A atividade das enzimas pode ser alterada quando pequenas moléculas e íons se ligam a elas. Chamados de inibidores, esses são capazes de diminuir ou interromper as reações enzimáticas. Pelo fato das enzimas catalisarem quase todos os processos da célula, diversos desses inibidores estão entre os medicamentos mais importantes. A inibição enzimática pode ser reversível ou irreversível. Os inibidores irreversíveis se ligam firmemente à enzima e, portanto, dissociam-se da mesma mais lentamente; o oposto ocorre com inibidores irreversíveis, em que há uma rápida dissociação do complexo enzima-inibidor (EI). Esse último tipo de inibição possui três tipos diferentes e que podem ser distinguidos por seus comportamentos cinéticos: competitiva, incompetitiva e não-competitiva. Na inibição competitiva, tanto o substrato quanto o inibidor podem ligar-se ao sítio ativo da enzima, porém, não conjuntamente, isso ocorre pois o inibidor é muito similar ao substrato da enzima. Quando ocorre uma ligação do inibidor no sítio ativo, o substrato é impossibilitado de se ligar e essa condição reduz a velocidade de catálise pois reduz a proporção de enzimas ligadas a um substrato. Porém, essa inibição pode ser removida aumentando a concentração de substrato no meio. Ao observar a cinética da inibição competitiva, há um aumento aparente de Km, significando que há necessidade de mais substrato para que a mesma velocidade da reaçãosem inibidor seja atingida e não há alterações no valor de Vmáx, pois ocorre saturação enzimática da mesma forma. Gráfico 4 - duplo-recíproco na presença e ausência de inibidor competitivo ilustrando a alteração em Km e ausência de mudança em Vmáx. Fonte: Stryer, 2014 Na inibição incompetitiva, o inibidor se liga somente ao ES, pois o sítio de ligação para esse inibidor só é criado quando ocorre a interação da enzima pelo seu substrato. Diferente da competitiva, esse tipo de inibição não pode ser superado pela adição de mais substrato. Quando ocorre a ligação do inibidor, forma-se um novo complexo enzima-substrato-inibidor (ESI) que não é capaz de formar qualquer produto, logo, como algum complexo do tipo sempre estará presente, o valor de Vmáx será reduzido. Além disso, o valor aparente de Km também diminui, pois como os complexos ES estão sendo reduzidos pela presença do inibidor, mais S deve-se ligar à E para manter o equilíbrio de E e ES, logo, precisa-se de uma menor [S] para atingir metade da V máx. Gráfico 5 - duplo-recíproco de inibição incompetitiva ilustrando a não alteração da inclinação e a redução equivalente de Km e Vmáx em relação à ausência de inibidor. Fonte: https://biochemanics.wordpress.com/2013/04/07/reversible-inhibition/ Na inibição não competitiva, inibidor e substrato podem ligar-se ao mesmo tempo na enzima, porém, em sítios de ligação diferentes e, esse tipo de inibidor é capaz de se ligar à enzima livre ou ao complexo ES, diferente do inibidor incompetitivo. A atuação desse inibidor é na redução da concentração de enzima funcional, acarretando em uma diminuição da renovação dessa enzima. A inibição não competitiva também não pode ser anulada aumentando [S]. Inibição mista é um padrão clássico de inibição não competitiva e ocorre quando a ligação do substrato é dificultada por um único inibidor e também ocorre a diminuição da renovação enzimática. Nesse caso, quando o substrato se liga ao complexo EI formando ESI, a reação também não prosseguirá para a formação de produto e o valor de V máx é diminuído, porém Km não se altera. Isso ocorre pois, com o aumento da quantidade de enzimas não funcionais, a solução resultante se comporta como uma solução diluída da enzima. Gráfico 6 - duplo-recíproco de inibição não competitiva ilustrando a redução de Vmáx e Km sem alteração em relação à ausência de inibição. Fonte: Stryer, 2014 Além da existência desses mecanismos que alteram as reações enzimáticas através da formação de ES, existem também fatores que afetam a natureza proteica das enzimas, podendo criar um meio ótimo para que a reação aconteça ou um meio desfavorável, capaz de alterar a estrutura enzimática e, consequentemente, prejudicar a reação. Tais fatores são alterações de pH e temperatura do meio reacional. As alterações enzimáticas que ocorrem pelo pH estão relacionadas à propriedade anfótera das cadeias laterais dos aminoácidos presentes na estrutura proteica da enzima, ou seja, essas cadeias podem comportar-se como ácidos ou bases fracos em situações críticas onde a enzima necessita de um certo estado de ionização de seus aminoácidos para que a estrutura proteica se mantenha íntegra, acabando por desestruturá-la. Cada enzima têm uma faixa ótima de pH, onde sua estrutura se encontra na forma mais adequada e a atividade catalítica é máxima. A temperatura é capaz de alterar a atividade enzimática seguindo o comportamento de qualquer reação química comum, onde a sua velocidade aumenta conforme a temperatura do meio é elevada. Porém, a velocidade da reação aumenta até um máximo e após determinada temperatura declina rapidamente. Esse decrescimento ocorre, pois, temperaturas muito altas são capazes de romper a estrutura tridimensional das enzimas, impossibilitando que exerçam sua função. Esse nível máximo que a velocidade atinge é a temperatura ótima, em que a atividade catalítica da enzima será a mais elevada possível. 2. Objetivos 2.1. Objetivo geral: Verificar a atividade da enzima fosfatase alcalina em diferentes condições de temperatura, presença ou ausência de inibidor, concentração de substrato e curso temporal. 2.2. Objetivos específicos: -Construir uma curva padrão de PNP; -Analisar o efeito de diferentes temperaturas na atividade enzimática; -Avaliar a formação de produto em função do tempo de reação; -Construir uma curva de Michaelis e Menten na presença e na ausência de inibidor; -Construir um gráfico de Lineweaver-Burk na presença e na ausência de inibidor; 3. Material e Métodos 3.1. Material: -Solução padrão de p-nitrofenol (PNP) 0,1 mM em tampão Tris-HCl pH 9, 5; -Solução de p-nitro-fenil-fosfato (PNPP) 1mM em tampão Tris-HCl pH 9,5; -Solução tampão Tris-HCl 0,2 M, pH 9, 5; -Solução de Na2HPO4___mM em tampão Tris-HCl 0,2 M pH 9,5 (sol. tampão Tris-Pi-HCl); -Solução de NaOH 2 M; -Solução de enzima fosfatase alcalina (EC 3.1.3.1)___ μg/mL (Sigma Fine Chemicals); -Pipetador automático 20-100 μL; -Pipetador automático 200-100 μL; -Pró-pipetes; -Tubos de ensaio; -Banho de gelo (4°C) -Banho-maria (37°C) -Banho-maria (68°C) -Placa de 96 poços; -Leitor de ELISA; 3.2. Métodos: 3.2.1. Curva padrão de PNP: Com o auxílio de pipeta e pró-pipete, foram transferidas alíquotas das soluções indicadas para tubos de ensaio devidamente rotulados segundo a tabela abaixo: Tabela 1 - tubos e suas respectivas alíquotas para cada solução Tubo n° Solução Padrão de PNP (μL) Tampão Tris-HCl pH 9,5 (μL) Solução de NaOH 2M (μL) B 0 800 200 1 75 725 200 2 150 650 200 3 225 575 200 4 300 500 200 5 375 425 200 6 450 350 200 7 525 275 200 Fonte: elaborada pelo autor Após a adição dos volumes indicados das soluções indicadas, os tubos ficaram com o mesmo volume e estes foram homogeneizados manualmente. Em seguida, os conteúdos dos tubos foram transferidos para uma placa de 96 poços e esta foi levada ao leitor de ELISA. Neste aparelho foi realizada a leitura da absorbância a 405 nm de cada um dos tubos, utilizando o tubo branco (B) como referência de calibração. 3.2.2. Curso temporal Com o auxílio de pipeta e pró-pipete, foram transferidas alíquotas das soluções indicadas para uma placa de 96 poços segundo a tabela abaixo: Tabela 2 - Meio de reação Tampão Tris-HCl pH 9,5 (μ L) PNPP 1 mM (μL) Enzima (μL) 125 62,5 12,5 Fonte: Protocolo da prática de cinética enzimática Em seguida,a placa de 96 poços foi levada ao leitor de ELISA. Neste aparelho foi realizada a leitura da absorbância a 405 nm da solução final do meio reacional por 60 minutos, onde uma leitura era feita a cada 3 minutos, totalizando 21 leituras. No tubo branco o meio reacional foi o mesmo, porém a enzima não foi adicionada. Obs: Vale ressaltar que todos os grupos utilizaram a mesma placa de 96 poços para a realização do experimento. O relatório em questão diz respeito à solução que se encontrava no poço identificado como A3. 3.2.3. Influência da temperaturaCom o auxílio de pipeta e pró-pipete, foram transferidas alíquotas das soluções indicadas para tubos de ensaio devidamente rotulados segundo a tabela abaixo: Tabela 3 - Relação dos tubos e suas respectivas alíquotas de tampão, PNPP, temperatura, enzima e NaOH Tubo nº Tampão Tris-HCl pH 9,5 (μL) PNPP 1 mM (μ L) Temperatura (ºC) Enzima (μL) Solução de NaOH (μ L) 1B 500 250 4 50 200 1 500 250 4 50 200 2B 500 250 Ambiente 50 200 2 500 250 Ambiente 50 200 3B 500 250 37 50 200 3 500 250 37 50 200 4B 500 250 68 50 200 4 500 250 68 50 200 Fonte: Protocolo da prática de cinética enzimática Antes de adicionar a solução de enzima, todos os tubos foram pré-incubados aos pares durante 5 minutos nas temperaturas indicadas e em seguida, com o auxílio de um pipetador automático, a da solução da enzima foi transferida a todos os tubos (exceto aos tubos brancos) em intervalos de 1 minuto, com a determinação do horário exato de início do ensaio. Após isso, os tubos foram homogeneizados manualmente e então foram incubados em suas respectivas temperaturas por 15 minutos. Em seguida, a reação foi paralisada adicionando NaOH 2M aos tubos de 1 a 4 em intervalos de 1 minuto, e posteriormente, aos tubos brancos. Finalmente, foram transferidas alíquotas da solução de enzima para os tubos brancos. Por fim, 200μL de cada solução foram transferidos para uma placa de 96 poços e esta foi levada ao leitor de ELISA. Neste aparelho foi realizada a leitura da absorbância a 405 nm de cada um dos tubos, utilizando cada tubo branco (B) como referência de calibração. Obs: Vale ressaltar que para os tubos brancos (xB), o meio reacional para que a enzima seja introduzida no tubo já deve conter a solução de NaOH 2M. Ou seja, as soluções da enzima já foram introduzidas em meios onde não ocorreriam reação alguma. 3.2.4. Curva de substrato e influência do inibidor Com o auxílio de pipeta e pró-pipete, foram transferidas alíquotas das soluções indicadas para tubos de ensaio devidamente rotulados segundo a tabela abaixo: Tabela 4 - Relação dos tubos e suas respectivas alíquotas de soluções tampão, PNPP, enzima e NaOH sem inibidor Tubo nº Tampão Tris-HCl pH 9,5 (μL) PNPP 1mM (μL) Enzima (μL) Solução de NaOH (μL) B 725 25 50 200 1 725 25 50 200 2 700 50 50 200 3 675 75 50 200 4 650 100 50 200 5 600 150 50 200 6 550 200 50 200 7 500 250 50 200 8 450 300 50 200 9 375 375 50 200 10 300 450 50 200 11 225 525 50 200 12 150 600 50 200 13 75 675 50 200 Fonte: Protocolo da prática de cinética enzimática Com o auxílio de um pipetador automático, a da solução da enzima foi transferida a todos os tubos (exceto ao tubo branco) em intervalos de 1 minuto, com a determinação do horário exato de início do ensaio. Quando o cronômetro atingiu os 15 minutos, as reações foram paralisadas com a adição de NaOH 2M também com intervalos de 1 minuto de adição a cada tubo. Em seguida, 200μL de cada solução foram transferidos para uma placa de 96 poços e esta foi levada ao leitor de ELISA. Neste aparelho foi realizada a leitura da absorbância a 405 nm de cada um dos tubos, utilizando cada tubo branco (B) como referência de calibração. Obs: Vale ressaltar que para o tubo branco (B), o meio reacional para que a enzima seja introduzida no tubo já deve conter a solução de NaOH 2M. Ou seja, a solução da enzima já foi introduzida em um meio onde não ocorreria reação alguma. Já para verificar a influência do inibidor, com o auxílio de pipeta e pró-pipete foram transferidas alíquotas das soluções indicadas para tubos de ensaio devidamente rotulados segundo a tabela abaixo: Tabela 5 - Relação dos tubos e suas alíquotas de tampão, PNPP, inibidor, enzima e solução de NaOH Tubo nº Tampão Tris-HCl pH 9,5 (μL) PNPP 1mM (μL) Inibidor (μL) Enzima (μL) Solução de NaOH (μ L) B 650 25 75 50 200 1 650 25 75 50 200 2 625 50 75 50 200 3 600 75 75 50 200 4 575 100 75 50 200 5 525 150 75 50 200 6 475 200 75 50 200 7 425 250 75 50 200 8 375 300 75 50 200 9 300 375 75 50 200 10 225 450 75 50 200 11 150 525 75 50 200 12 75 600 75 50 200 13 0 675 75 50 200 Fonte: Protocolo da prática de cinética enzimática Após o preparo do meio reacional com a presença do inibidor, foram transferidas alíquotas da solução de enzima para cada um dos tubos indicados, com exceção do tubo branco (B), em intervalos de 1 minuto. Quando o cronômetro atingiu os 15 minutos, as reações foram paralisadas com a adição de NaOH 2M também com intervalos de 1 minuto de adição a cada tubo. Em seguida, 200μL de cada solução foram transferidos para uma placa de 96 poços e esta foi levada ao leitor de ELISA. Neste aparelho foi realizada a leitura da absorbância a 405 nm de cada um dos tubos, utilizando cada tubo branco (B) como referência de calibração. Obs: Vale ressaltar que para o tubo branco (B), o meio reacional para que a enzima seja introduzida no tubo já deve conter a solução de NaOH 2M. Ou seja, a solução da enzima já foi introduzida em um meio onde não ocorreria reação alguma. 4. Resultados 4.1. Curva Padrão de PNP A tabela abaixo indica a concentração final das soluções presentes em cada tubo e suas respectivas absorbâncias medidas no leitor de ELISA. Tabela 6 - Relação dos tubos e suas concentrações de PNP e absorbância Tubo nº Concentração de PNP (nM) Absorbância (450nm) 1 7500 0,0629 2 15000 0,1384 3 22500 0,2184 4 30000 0,2666 5 37500 0,3642 6 45000 0,3977 7 52500 0,4815 Fonte: Elaborada pelo autor O valor concentrações foi calculado aplicando o fator de correção determinar a concentração final das soluções após o experimento, para isso, foi aplicado a seguinte equação: 0,1.V1=C2.1000 Onde: 0,1 = concentração inicial da solução em mM; V1 = volume inicial da solução de PNP em cada tubo em μL; C2 = concentração final a ser descoberta em mM; 1000 = volume final em μL. Descoberta a concentração final de cada solução, a mesma foi multiplicada por 106 e então convertida em nM. A partir desses valores, a seguinte curva padrão foi gerada: Gráfico 7 - curva padrão de PNP Fonte: Elaborado pelo autor O cálculo de R2 foi mostrado no mesmo para que se informe o quanto o modelo (gráfico) se adequa a amostra (experimento). Um valor de 0,9933 indica que o modelo consegue explicar a amostra em 99,33%. Gerada a equação da reta y = 9,1438.106x + 0,0014, a mesma foi utilizada para os cálculos das práticas seguintes. 4.2. Curso Temporal O procedimento feito para a confecção do curso temporal gerou os seguintes resultados: Tabela 7- Tabela da relação entre o tempo, o valor do branco, absorbância, absorbância corrigida e concentração de PNP Tempo (min) Branco Absorbância (405 nm) Absorbância Corrigida (405 nm) Concentração de PNP (nM) 0 0,063 0,0750,012 1476 3 0,080 0,122 0,042 4735 6 0,079 0,153 0,074 8268 9 0,079 0,190 0,111 12303 12 0,091 0,226 0,135 14950 15 0,106 0,263 0,157 17356 18 0,086 0,298 0,212 23327 21 0,083 0,331 0,247 27199 24 0,091 0,357 0,266 29266 27 0,091 0,391 0,299 32897 30 0,102 0,413 0,311 34209 33 0,097 0,444 0,347 38113 36 0,101 0,471 0,370 40618 39 0,091 0,490 0,399 43735 42 0,109 0,515 0,406 44533 45 0,116 0,540 0,425 46578 48 0,114 0,563 0,448 49192 51 0,108 0,585 0,477 52320 54 0,101 0,623 0,522 57241 57 0,098 0,638 0,540 59199 60 0,108 0,647 0,540 59188 Fonte: Elaborada pelo autor A absorbância foi corrigida subtraindo a medida do branco correspondente à cada valor. Esse procedimento é necessário pois como o PNPP é muito fotossensível e uma quantidade considerável é hidrolisada pela luz e não reage na solução. Portanto, essa subtração de valores desconta a porção de substrato que sofre hidrólise. Os valores de concentração de produto formado (PNP) foram calculados através da equação da reta determinada na prática anterior, em que foi gerada a curva padrão. O cálculo foi feito da seguinte forma: Dada a equação da reta y = 9,1438.106x + 0,0014; Onde y = absorbância medida em cada minuto; O valor da concentração de PNP respectiva equivale a x. A partir desses valores, o seguinte gráfico de [PNP] por tempo foi gerado: Gráfico 8 - curso temporal por concentração de PNP Fonte: Elaborado pelo autor A tangente que inicia no ponto (0,0) e abrange a maior quantidade de pontos em linha reta possíveis indica o intervalo de V0, que é de aproximadamente 30 minutos. Com a determinação de V0 foi escolhido metade desse valor, ou seja, 15 minutos, para que se pudesse ter a garantia de que a realização das práticas seguintes de cinética enzimática fosse feita dentro do intervalo da velocidade inicial. 4.3. Influência da temperatura A prática da influência da temperatura gerou os seguintes resultados: Tabela 8 - Relação dos tubos, temperatura, absorbância, absorbância corrigida, concentração de PNP e V0 Tubo nº Temperatura (°C) Absorbância (405nM) Abs. Corrigida (405nm) Concentração de PNP (nM) V0 (nM/min) 1B 4 0,125 1 4 0,149 0,024 2778 185 2B 30 (ambiente) 0,134 2 30 (ambiente) 0,234 0,1 11089 739 3B 37 0,136 3 37 0,283 0,147 16230 1082 4B 68 0,147 4 68 0,211 0,064 7152 477 Fonte: Elaborada pelo autor A absorbância corrigida foi calculada subtraindo o valor do branco da absorbância medida das soluções de cada um dos tubos para que concentrações de PNPP hidrolisadas pela luz fossem descartadas. Da mesma forma que a prática do curso temporal, a concentração de produto (PNP) foi encontrada a partir da equação da reta gerada na curva padrão, substituindo os valores de y pela absorbância corrigida e encontrando a concentração desejada no valor de x. Como cada procedimento foi realizado em 15 minutos, o valor da velocidade das reações (V0) foi calculado dividindo os valores encontrados da concentração de PNP de cada tubo por 15. A partir desses valores, têm-se o seguinte gráfico de V 0 pela temperatura: Gráfico 9 - V0 pela temperatura Fonte: Elaborado pelo autor 4.4. Curva de substrato e influência do inibidor Neste procedimento, os meios reacionais foram preparados da mesma forma, porém, em um deles foi inserido um inibidor. Foram geradas as seguintes tabelas para cada um dos experimentos: Meio sem inibidor: Tabela 9 - relação dos tubos, volume de PNPP e concentração corrigida de PNPP Tubo Volume PNPP (μL) Concentração Corrigida PNPP (mM) B 25 0,025 1 25 0,025 2 50 0,05 3 75 0,075 4 100 0,1 5 150 0,15 6 200 0,2 7 250 0,25 8 300 0,3 9 375 0,375 10 450 0,45 11 525 0,525 12 600 0,6 13 675 0,675 Fonte: Elaborada pelo autor Tabela 10 - Relação dos tubos sem inibidor, absorbância, absorbância corrigida, concentração de PNP e V0 Tubo nº Absorbância (405nm) Abs. Corrigida (405nm) Concentração de PNP (nM) V0 (nM/min) B 0,064 1 0,118 0,054 13058 871 2 0,153 0,089 16886 1126 3 0,19 0,126 20932 1395 4 0,207 0,143 22791 1519 5 0,228 0,164 25088 1673 6 0,251 0,187 27603 1840 7 0,267 0,203 29353 1957 8 0,293 0,229 32197 2146 9 0,307 0,243 33728 2249 10 0,372 0,308 40836 2722 11 0,338 0,274 37118 2475 12 0,367 0,303 40290 2686 13 0,375 0,311 41165 2744 Fonte: Elaborada pelo autor Meio com inibidor Tabela 11 - Relação dos tubos com inibido, volume de PNPP e concentração corrigida de PNPP Tubo Volume PNPP (μM) Concentração Corrigida PNPP (mM) B 25 0,025 1 25 0,025 2 50 0,05 3 75 0,075 4 100 0,1 5 150 0,15 6 200 0,2 7 250 0,25 8 300 0,3 9 375 0,375 10 450 0,45 11 525 0,525 12 600 0,6 13 675 0,675 Fonte: Elaborada pelo autor Tabela 12 - Relação dos tubos com inibidor, absorbância, absorbância corrigida, concentração de PNP e V0 Tubo nº Absorbância (405nm) Abs. Corrigida (405nm) Concentração de PNP (nM) V0 (nM/min) B 0,054 1 0,075 0,021 2450 163 2 0,091 0,037 4200 280 3 0,108 0,054 6059 404 4 0,115 0,061 6824 455 5 0,143 0,089 9886 659 6 0,159 0,105 11636 776 7 0,188 0,134 14808 987 8 0,189 0,135 14917 994 9 0,219 0,165 18198 1213 10 0,235 0,181 19948 1330 11 0,252 0,198 21807 1454 12 0,269 0,215 23666 1578 13 0,281 0,227 24979 1665 Fonte: Elaborada pelo autor Em ambos os experimentos, a concentração de substrato precisou ser corrigida e para isso foi aplicada a seguinte equação: 1,0.V1 = C2.1000 Onde: 1,0 = concentração inicial da solução em mM; V1 = volume inicial da solução de PNPP em cada tubo em μL; C2 = concentração final a ser descoberta em mM; 1000 = volume final em μL. Após a aferição das absorbâncias respectivas de cada tubo, também foi necessária a correção das mesmas subtraindo o branco de cada um dos valores. E, além disso, novamente a equação da reta da curva padrão foi usada para determinar os valores de PNP de cada solução, onde o valor de y foi substituído pela absorbância corrigida para que se pudesse encontrar a concentração de PNP formado no valor de x. Com esses valores em mãos, a velocidade de reação de cada tubo foi calculada dividindo [PNP] de cada um deles por 15. A partir disso, foram criadas as curvas de Michaelis de V0 pela concentração de substrato para cada um dos dois experimentos e colocadas no gráfico que segue: Gráfico 10 - Curva de Michaelis para substrato e substrato + inibidor Fonte: Elaborado pelo autor 4.5. Gráfico de Lineweaver-Burk (duplo-recíproco) A partir dos valores de V0 e [S] da prática anterior, foi feita uma inversão dos mesmos a fim de criar um gráfico duplo-recíproco para as duas reações enzimáticas. Segue na tabela abaixo o resultado desses valores inversos. Tabela 13 - Relação dos resultados dos valores inversos 1/[S] (1/mM) 1/V0 sem inibidor (1/nM.min-1) 1/V0 com inibidor (1/nM.min-1) 40,00 0,001149 0,00612 20,00 0,000888 0,00357 13,33 0,000717 0,00248 10,00 0,000658 0,00220 6,67 0,000598 0,00152 5,00 0,000543 0,00129 4,00 0,000511 0,00101 3,33 0,000466 0,00101 2,67 0,000445 0,00082 2,22 0,000367 0,00075 1,90 0,000404 0,00069 1,67 0,000372 0,00063 1,48 0,000364 0,00060 Fonte: Elaborada pelo autor Para que o gráfico pudesse ser melhor observado, alguns valores foram eliminados de modo que compreendesse uma área com maior quantidade de pontos, gerando a seguintetabela reduzida: Tabela 14 - tabela reduzida 1/[S] (1/mM) 1/V0 sem inibidor (1/nM.min-1) 1/V0 com inibidor (1/nM.min-1) 5,00 0,0005434 0,001289 4,00 0,0005110 0,001013 3,33 0,0004659 0,001006 2,67 0,0004447 0,000824 2,22 0,0003673 0,000752 1,90 0,0004041 0,000688 1,67 0,0003723 0,000634 1,48 0,0003644 0,000601 Fonte: Elaborada pelo autor A partir dessa tabela, foi criado o seguinte gráfico: Gráfico 11 - Duplo recíproco reduzido Fonte: Elaborado pelo autor Com a utilização da equação da reta de ambas as reações, calculou-se -1/Km e 1/V máx para determinar em que pontos as retas cortam os eixos x e y, respectivamente. Esses cálculos foram feitos da seguinte forma: Dada uma equação da reta y = ax + b Para x = 0, então y = b ; Para y = 0, então x = -b/a. Logo, para a reação sem inibidor: -1/Km = -6 (1/mM) e 1/Vmáx = 0,0003 (1/nM.min-1); para a reação com inibidor: -1/Km = -1,5 (1/mM) e 1/Vmáx = 0,0003 (1/nM.min-1). Com esses valores em mãos, foi construído o seguinte gráfico duplo-recíproco em papel milimetrado: [O gráfico segue em anexo ao fim do relatório.] A partir dos resultados de 1/Km e 1/Vmáx, pôde ser calculado seus valores reversos (Km e Vmáx) a partir dos seguintes cálculos: Para a reação sem inibidor: Vmáx = 1/0,0003 = 3333,3 nM.min-1 Km = -1/-6 = 0,1667 mM Para a reação com inibidor: Vmáx = 1/0,0003 = 3333,3 nM.min-1 Km = -1/-1,5 = 0,667 mM 5. Discussão 5.1. Curva padrão de PNP Para todo ensaio enzimológico é necessária uma curva padrão a partir da qual se pode extrair os dados básicos para qualquer ensaio que se faça com a enzima escolhida. A curva padrão de PNP foi construída com auxílio do software Microsoft Excel, com o objetivo de se estabelecer uma relação entre a absorbância e a concentração de produto formado pela atividade enzimática. A partir da equação dessa curva é possível medir a concentração de PNP formado para cada uma das absorbâncias dos ensaios realizados. O PNP utilizado já havia sido produzido por reação enzimática previamente aos ensaios. Como esperado de uma curva padrão, quanto maior o volume de PNP padrão utilizado, mais forte era a coloração amarela da reação e maior era a absorbância. A fotossensibilidade do PNP pode explicar possíveis erros na curva padrão. 5.2. Curso temporal Além da construção de uma curva padrão, é necessária a construção de uma curva que relacione a quantidade de produto formado em relação ao tempo de reação. Nessa curva é possível verificar até que ponto tem-se um total de produto formado baixo o suficiente a fim de evitar que a formação excessiva de produtos no meio agisse de maneira antagônica à ação da enzima, revertendo a reação (produto retornando ao estado de substrato) ou até mesmo causando uma possível inibição; é nesse ponto que obtém-se V0, ou seja, a velocidade na qual a reação chega a esse ponto. Ao observar o gráfico, é possível perceber que a reação mantém uma linearidade significamente estável até os 30 minutos. A partir desse valor, estabeleceu-se que 15 minutos seria o tempo ideal para a realização dos diferentes experimentos seguintes, de forma que esse intervalo de tempo atenderia às condições de linearidade das reações seguintes. 5.3. Influência da temperatura A atividade enzimática à temperatura ambiente não foi muito diferente do que a 37ºC, como mostram os valores próximos de absorbância (0,1 e 0,147, respectivamente). No entanto a temperatura de 37º se mostrou a melhor. Isso possivelmente se dá por ser próxima à temperatura fisiológica, sendo a fosfatase alcalina utilizada em diversas reações metabólicas do organismo. As temperaturas extremas de 4ºC e 69ºC apresentaram baixos valores de absorbância (0,024 e 0,064, respectivamente), evidenciando baixa atividade enzimática por pouco produto formado. A temperatura de uma solução afeta a energia cinética interna da solução. Na temperatura de 4ºC, a reação torna-se extremamente lenta devido à baixa energia cinética, porém ainda ocorre. O maior grupo de enzimas são proteínas, ou seja, ainda estão sujeitas à desnaturação. Portanto, a temperatura de 68°C é alta suficiente para que haja alguma mudança conformacional principalmente do sítio catalítico enzimático, proporcionando a diminuição da sua atividade. 5.4. Curva de substrato e influência do inibidor A curva de substrato, conhecida como curva de Michaelis Menten, é importante para que se possa inferir algumas características sobre qualquer enzima em um ensaio enzimológico. A partir dela, é possível construir um gráfico duplo-recíproco (gráfico de Lineweaver-Burk) e dele tirar informações essenciais para a realização de uma análise mais específica sobre as enzimas: os valores de Vmáx e de K m. Na prática realizada, a enzima fosfatase alcalina foi introduzida em um meio onde não havia presença de inibidor e em um outro meio onde foi introduzido o inibidor. Nos dois meios, a partir da análise do gráfico e realizando os cálculos necessários, obteve-se o mesmo valor de Vmáx (aproximadamente 3333,3 µM/min), porém os valores de K m apresentaram alteração. No primeiro meio, sem inibidor, K m foi equivalente a aproximadamente 0,167mM enquanto que no segundo meio, com inibidor, esse valor foi equivalente a aproximadamente 0,67mM. Tais valores indicam o tipo de inibição causado pelo inibidor utilizado, que se caracteriza por ser do tipo competitiva. O aumento de Km indica a necessidade de uma maior concentração de substrato para atingir a mesma velocidade máxima do meio sem inibidor. O valor de Vmáx inalterado indica uma saturação enzimática idêntica nas duas ocasiões. 6. Referências Bibliográficas 1. KAMP, Fernanda. Enzimas. 2019. 27 slides. 2. KAMP, Fernanda. Cinética Enzimática. 2019. 65 slides. 3. NELSON, David L.; COX, Michael M. Princípios de Bioquímica de Lehninger. São Paulo: ARTMED EDITORA LTDA, 2014. 4. BERG, Jeremy M.; STRYER, Lubert; TYMOCZKO, John L. Bioquímica. 7. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2014 5. Atividade Enzimática. Disponível em: < http://www.ufrgs.br/alimentus1/pao/ingredientes/ing_enzimas_atividade.htm>. Acesso em: 18 mai. 2019 6. Reversible Inhibition . Disponível em: < https://biochemanics.wordpress.com/2013/04/07/reversible-inhibition/>. Acesso em: 18 mai. 2019 7. Fosfatase Alcalina. Disponível em: <https://www.infoescola.com/bioquimica/fosfatase-alcalina/>. Acesso em: 18 mai. 2019