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UNIVERSIDADE MARANHÃO ESTADUAL DO OMARANHÃOMARANHÃ ESTADUAL DOESTADUAL DO UNIVERSIDADEUNIVERSIDADE MARANHÃ UNIVERSIDADE MARANHÃ ESTADUAL DO UNIVERSIDADE MARANHÃ ESTADUAL DO UNIVERSIDADE MARANHÃ ESTADUAL DO UNIVERSIDADE MARANHÃ ESTADUAL DO UNIVERSIDADE MARANHÃ ESTADUAL DO UNIVERSIDADE MARANHÃ ESTADUAL DO UNIVERSIDADE MARANHÃ ESTADUAL DO UNIVERSIDADE MARANHÃ ESTADUAL DO UNIVERSIDADE MARANHÃ ESTADUAL DO UNIVERSIDADE MARANHÃ ESTADUAL DO UNIVERSIDADE MARANHÃ ESTADUAL DO UNIVERSIDADE MARANHÃ ESTADUAL DO UNIVERSIDADE O ESTADUAL DO Genética Forense sUelen roCha Botão Ferreira são luís 2015 Edição Universidade estadUal do Maranhão - UeMa núcleo de tecnologias para edUcação - UeManet Coordenadora do UemaNet profª. ilka Márcia ribeiro de soUsa serra Coordenadora Pedagógica de Designer Educacional profª. sannya fernanda nUnes rodrigUes Coordenadora Administrativa de Designer Educacional cristiane costa peixoto Coordenadora do Curso de Especialização em Ensino de Genética profª. ligia tchaicka Professora Conteudista sUelen rocha botão ferreira Designer Educacional clecia assUnção silva liMa Revisora de Linguagem LayLa MagaLhães araújo Lucirene Ferreira Lopes Diagramadores JosiMar de JesUs costa alMeida lUis Macartney sereJo dos santos tonho leMos Martins Designers Gráficos rôMUlo santos coelho Governador do Estado do Maranhão flávio dino de castro e costa Reitor da UEMA prof. gUstavo pereira da costa Vice-reitor da UEMA prof. Walter canales sant’ana Pró-reitor de Administração prof. gilson Martins Mendonça Pró-reitora de Extensão e Assuntos Estudantis prof. porfírio candanedo gUerra Pró-reitora de Graduação profª. andrea de araúJo Pró-reitor de Pesquisa e Pós-graduação prof. Marcelo cheche galves Pró-reitor de Planejamento prof. antônio roberto coelho serrra Diretora do Centro de Ciências Exatas e Naturais - CECEN profª. ana lúcia cUnha dUarte Universidade estadUal do Maranhão Núcleo de Tecnologias para Educação - UemaNet Campus Universitário Paulo VI - São Luís - MA Fone-fax: (98) 2106-8970 http://www.uema.br http://www.uemanet.uema.br Proibida a reprodução desta publicação, no todo ou em parte, sem a prévia autorização desta instituição. Ferreira, Suelen Rocha Botão. Genética forense / Suelen Rocha Botão Ferreira.–São Luis: UemaNet, 2015. 73 p. 1. Ciência forense. 2. Genética. 3. Biologia molecular. I. Título CDU: 577.21:343.98 ATIVIDADES ATENÇÃO DICA DE SITE ÍCOnES Orientação para estudo Ao longo deste fascículo serão encontrados alguns ícones utilizados para facilitar a comunicação com você. Saiba o que cada um signifi ca. SAIBA MAIS SUGESTÃO DE LEITURA REFERÊNCIAS PALAVRA DA PROFESSORA-AUTORA ..................................................... 7 APRESEnTAçãO ................................................................................................. 9 Unidade 1 - Princípios Genéticos da Genética Forense ................... 11 Introdução ............................................................................................................. 11 Genética Forense e a Identificação Individual ...................................... 11 O Genoma Humano e os Modos de Transmissão da Herança Genética ................................................................................................................. 13 Genética de Populações: um breve comentário ..................................... 15 Perfil genético? Mendel? Frequência alélica, qual a relação entre eles? .......................................................................................................................... 17 Polimorfismos de DnA: marcadores moleculares .................................. 20 Microssatélites ou STRs ....................................................................................... 21 SNP ............................................................................................................................ 22 Indel .......................................................................................................................... 23 Resumo ................................................................................................................... 24 Referências ............................................................................................................ 26 Uidade 2 - Revisando Conceitos de Biologia Molecular .................. 29 Introdução ............................................................................................................. 29 Extração de DnA ................................................................................................. 29 Fenol-Clorofórmio ................................................................................................ 30 Chelex® 100 ............................................................................................................ 31 Reação em cadeia da Polimerase ................................................................ 31 PCR Multiplex ....................................................................................................... 34 Eletroforese capilar ........................................................................................... 35 Detecção dos fragmentos .............................................................................. 36 Marcadores de Linhagem ............................................................................... 37 Cromossomo Y ...................................................................................................... 37 DNA mitocondrial ................................................................................................ 39 Resumo ................................................................................................................... 40 Referências ............................................................................................................ 41 Unidade 3 - Aplicações da Genética Forense ......................................... 43 Introdução ............................................................................................................. 43 O geneticista forense ........................................................................................ 43 Um pouco de história ........................................................................................ 46 Fingerprints de DnA .......................................................................................... 47 Teste de paternidade ........................................................................................ 48 Quando os marcadores autossômicos não são suficientes ............ 49 Teste de maternidade ....................................................................................... 51 Teste indireto de paternidade ...................................................................... 51 Identificação individual .................................................................................. 52 Identificação de restos mortais ................................................................... 53 Resumo ................................................................................................................... 54 Referências ............................................................................................................ 54 Unidade 4 - A Genética Forense, conversando um pouco mais ..... 57 Introdução ............................................................................................................. 57 Genética Forense não Humana .................................................................... 57 Base de Dados ......................................................................................................62 Bioética ................................................................................................................... 66 Resumo ................................................................................................................... 69 Referências ............................................................................................................ 70 PALAVRA DA PROFESSORA-AUTORA Caro Estudante, A Genética Forense é uma área que traz muitas expectativas e curiosidades. Está sempre no noticiário e também em séries e filmes. O DNA uma molécula tão pequena e tão importante é a base desse estudo e pode ser encontrado nos mais variados seres. Neste fascículo você poderá encontrar informações que o auxiliarão no decorrer da disciplina de Genética Forense e também lhe ajudará a desenvolver um olhar criterioso perante as informações disponíveis na mídia sobre Genética Forense. Nessa disciplina, veremos o que é a Genética Forense, como ela é geneticamente embasada e descobriremos que ela vai muito além dos testes de paternidade e identificação individual. Eu convido você a estudar um pouco mais sobre essa ciência, e conhecer suas diversas aplicações. Cumprimentos, Suelen Ferreira. A disciplina Genética Forense como componente da Especialização em Ensino de Genética, vem mostrar que é possível aproximar o aluno da realidade que o cerca. Por ser um assunto cotidianamente discutido, funciona como exemplo da aplicação direta dos conhecimentos genéticos. Esta disciplina está estruturada em quatro Unidades que contemplam os aspectos fundamentais a compreensão da genética forense, sendo assim na Unidade 1 - definiremos Genética Forense e veremos quais princípios a norteiam, posteriormente discutiremos sobre as suas aplicações e implicações na sociedade; Unidade 2 – vamos revisar os conceitos de Biologia Molecular; Unidade 3 - veremos algumas das principais aplicações da Genética Forense; Unidade 4 - comentando sobre uma linha recente dentro da forense que é a Genética Forense não Humana. Tenha um estudo proveitoso! U n id a d e Princípios Genéticos da Genética Forense Introdução Nessa primeira Unidade, iremos apresentar a Genética Forense como um ramo da Genética e da Biologia Molecular e abordaremos o tema Identificação Individual, para melhor compreendermos esse assunto, veremos alguns princípios genéticos envolvidos na obtenção de um perfil genético. Ressaltamos, ainda, que esses princípios e conceitos são fundamentais para a compreensão de como se faz Genética Forense atualmente. Genética Forense e a Identificação Individual Os avanços da genética têm contribuído para várias áreas do conhecimento incluindo a práxis jurídica, devido a utilização do • Definir Genética Forense; • Reconhecer o ser humano como uma unidade biológica/genética individual; • Diferenciar os principais tipos de transmissão genética; • Compreender a importância da genética de populações como base para a Genética Forense. Objetivos ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA12 DNA nuclear presente em fios de cabelo (raiz), saliva, pele, esperma, urina, tecidos, suor, ossos, dentes (polpa dentária), sangue ou de qualquer célula corporal que mantenha seu núcleo, e ainda DNA mitocondrial (presente fora do núcleo celular) chega-se à identificação de um criminoso, ou a determinação de um vínculo biológico. Podemos definir Genética Forense como uma aplicação da Engenharia Genética para materiais humanos e não-humanos (no sentido de uma ciência com a finalidade de estudar as características hereditárias para a análise das variações inter e intra-específicas em populações) para a resolução de conflitos legais (FSIG, 2014). O genoma humano tem 3 x 109 pares de nucleotídeos. Cada sitio é ocupado por uma das quatro bases que formam pares no DNA, assim sendo considerando a explosão da população humana, existem mais combinações possíveis de quatro pares de bases em um genoma humano do que humanos no planeta (SNUSTAD; SIMMONS, 2001). A identificação humana por meio da análise do DNA constitui, atualmente, uma ferramenta indispensável na Genética Moderna, auxiliando tanto nas questões de identificação civil como nas de identificação criminal. E é nesse ponto que entra a Genética Forense, como uma subárea da Genética responsável por estudar e reunir as regras para realização de testes de individualidade biológica, com base nestes estudos foram desenvolvidos parâmetros estatísticos que são aplicados aos marcadores para garantir a sua eficiência forense. A combinação de avanços técnicos, os níveis elevados da estandardização e o controle de qualidade possibilitaram o reconhecimento da Genética Forense como uma ferramenta precisa e de confiança mundial para a aplicação do conhecimento científico no âmbito judicial, mais frequentemente em estudos de identificação e investigações de relações de parentesco como testes de paternidade, assim como na identificação do doador de vestígios biológicos encontrados no local de um crime (FERREIRA, 2009). Princípios Genéticos da Genética Forense | UNIDADE 1 13 O Genoma Humano e os Modos de Transmissão da Herança Genética O genoma humano pode ser divido em dois grandes genomas: o genoma nuclear com 23 pares de cromossomos sendo 22 pares de cromossomos autossômicos, e 1 par correspondente aos cromossomos sexuais (X e Y), e o genoma extra nuclear que é representado pelo DNA mitocondrial (mtDNA) (LANDER, et al., 2001). Dependendo do modo como o material genético é transmitido para os seus descendentes é possível diferenciar dois tipos de herança: a recombinante que inclui os cromossomos autossômicos e o cromossomo sexual X, e a herança não recombinante ou herança uni- parental representada pelo cromossomo Y e o DNA mitocondrial. Recombinação: o processo de recombinação é uma ferramenta natural para geração de diversidade genética, pois gera uma nova combinação alélica de geração para geração. No genoma humano os segmentos que sofrem recombinação são os cromossomos autossômicos e o cromossomo X. Durante o pareamento dos cromossomos homólogos no ciclo de divisão celular, mais especifi camente na prófase I ocorre o crossing-over ou recombinação, permitindo que novas combinações alélicas sejam formadas e repassadas para a descendência, como mostrado na Figura1. Figura 1 - Representação de crossing over como base para recombinação Fonte: (SNUSTAD; SIMMONS 2001) ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA14 É fácil compreender que os cromossomos autossômicos recombinem, pois estão aos pares. Entretanto, os cromossomos sexuais apresentam estruturas cromossômicas diferentes o que impossibilitaria o pareamento. Devido a isso existem na região terminal dos cromossomos X e Y uma região especial que permite esse pareamento, que são as regiões pseudoautossômicas (PAR1 e PAR2) dos cromossomos X e Y, garantindo assim, a normal segregação dos cromossomos sexuais (ELLIS; GOODFELLOW, 1989), sendo assim, os dois X femininos recombinam e, as mulheres transmitem aos descendentes uma combinação da sua informação paterna e materna. Já os homens, por possuírem apenas um cromossomo X, transmitem-no às filhas sem sofrer recombinação, excetuando nas regiões pseudoautossômicas. Exceto nas regiões PAR1 e PAR2 o cromossomo Y não recombina e é passado de pai para filho, determinando então a linhagem paterna (SKALETSKY, et al., 2003), sendo assim pais e filhos do sexo masculino compartilham a mesma informação genética para o cromossomo Y (Figura 2). O mtDNA, semelhante ao cromossomo Y, também não sofre recombinação sendo assim é passado intacto da mãe para toda a sua descendência (Figura 2). Essa característica é importante, pois quando a informação genética é passada sem alterações de uma geração para a outra, permite rastrear as linhagens parentais, possibilitando a reconstrução da ancestralidade das populaçõeshumanas (UNDERHILL et al., 2007). First generation Second generation Third generation Figura 2 - Representação esquemática do padrão de herança humano em três gerações. A linhagem parental masculina é representada pelo cromossomo vermelho e a mitocondrial pelo círculo Fonte: Adaptado de Kayser et al. (2007) Princípios Genéticos da Genética Forense | unidade 1 15 Genética de Populações: um breve comentário A genética de populações é por muitos, tida como uma parte maçante da genética devido à grande quantidade de conceitos e equações matemáticas que engloba. Entretanto, ela é importante para a Genética Forense, pois é ela a genética de populações, a responsável pelo entendimento da variação genética, conceito fundamental na Genética Forense. Atualmente, falar de variação genética vai além das leis consagradas por Gregor Mendel, pois com o auxílio de técnicas moleculares as diferenças genéticas entre organismos são analisadas diretamente no DNA. Segundo Hartl (2008, p.1): Em seu sentido mais amplo, a genética de populações é um estudo de diferenças genéticas que ocorrem naturalmente entre organismos. As diferenças genéticas que são comuns entre organismos da mesma espécie são chamadas de polimorfismos. […] Entre os seres humanos, por exemplo, existe uma diversidade em relação à altura, peso, forma do corpo, cor e textura dos cabelos e outros vários atributos físicos e psicológicos ou habilidades. A genética de populações deve abranger toda essa diversidade fenotípica, e especialmente a porção da diversidade que é causada por diferenças no genótipo dos indivíduos. Sendo assim, podemos agora compreender um conceito mais teórico, como o utilizado por Snustad e Simmons (2001). Esses autores além de conceituarem a genética de populações, explicam como a variação genética se origina e fixa em uma população. A genética de populações é o estudo da origem da variação, a transmissão das variantes dos genitores para a prole geração após geração, e as mudanças temporais que ocorrem numa população devido as forças evolutivas sistemáticas e aleatórias. A variação genética se origina quando um alelo muta para o outro. A mutação é, portanto, a fonte de toda variabilidade genética. Com o tempo, a variação mutacional se instala e é moldada por forças evolutivas. Através da seleção natural, os mutantes com sobrevida e habilidades prejudicadas diminuem de frequência, e mutantes com sobrevida superior e habilidades reprodutivas aumentam de frequência (SNUSTAD; SIMMONS, 2001 p. 678). ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA16 Dessa forma, podemos salientar que a genética de populações estuda basicamente a variação existente em uma população e também os fatores que geram e/ou infl uenciam essa variação. Neste momento surge então uma dúvida: “Qual a importância da variação genética para as populações e para a genética forense? ” A resposta a esse questionamento é simples: A variação genética é importante para as populações, pois permite que elas respondam de forma diferente a seleção natural, como por exemplo há pessoas que são mais resistentes a gripes que outras. Ou seja, seu sistema imunológico é diferente. Os indivíduos daquela população possuem diferentes (variáveis) respostas a presença de um vírus. Já para a Genética Forense essa variabilidade presente no DNA é o que faz de nós seres humanos (exceto gêmeos monozigóticos) indivíduos geneticamente únicos. Alelo: formas alternativas de um gene que ocorre em um determinado locus (local) em um cromossomo. Os alelos podem apresentar-se aos pares ou em três ou mais formas dentro de uma população. Cromossomos: corpos nucleoproteicos que são observados nas células. Cromossomos homólogos: cromossomos que ocorrem em pares e são em geral semelhantes em tamanho e forma, vindo um do genitor masculino e o outro do genitor feminino, esses cromossomos possuem a mesma disposição de genes. Cromossomos autossômicos: qualquer cromossomo que não é um cromossomo sexual, na espécie humana compreende do par 1 ao 22. Cromossomos sexuais: que estão associados a determinação do sexo. Cromossomo X: um Cromossomo associado a determinação sexual. Na maioria dos animais, a fêmea tem dois, e o macho tem um. Cromossomo Y: parceiro do X nos machos de muitas espécies de animais. Diploide: um organismo ou célula com dois conjuntos de cromossomos (2n) ou dois genomas. Em humanos 2n = 46 cromossomos, 23 pares de cromossomos. Princípios Genéticos da Genética Forense | unidade 1 17 Evolução: processo no qual a variação genética em uma população muda com o tempo. Monoploide: um organismo ou célula que tem um único conjunto de cromossomos. Multiplex: reação de cadeia da polimerase que permite a análise de vários loci em simultâneo. Mutação: uma mudança no DNA em um determinado locus em um organismo. Polimorfismo: a existência dentro de uma população de dois ou mais genótipos para uma determinada característica. População: grupo de organismos específicos que ocupam uma região geográfica mais ou menos bem definida e exibem continuidade reprodutiva geração a geração. Seleção natural: sobrevida diferencial e reprodução na natureza que favorece os indivíduos que estão mais bem adaptados a seu ambiente. E eliminação dos organismos menos adaptados. Perfil genético? Mendel? Frequência alélica, qual a relação entre eles? Para compreendermos o que é o perfil genético utilizado na Genética Forense, precisamos saber como ocorre a transmissão de informação dos pais para os filhos e como essa informação é analisada. Gregor Mendel não foi o primeiro a tentar explicar esse processo mais foi o que reconhecidamente conseguiu. Ao término de seus estudos com ervilhas ele descobriu os princípios fundamentais da hereditariedade. Para determinação do perfil genéticos baseado em marcadores moleculares utilizamos principalmente a 1ª Lei de Mendel que apresentamos de uma forma resumida na Figura 3. “O princípio da segregação: Em um heterozigoto, dois alelos diferentes se segregam um do outro durante a formação de gametas.” (SNUSTAD; SIMMONS, 2001 p. 51). ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA18 Quem foi Gregor Mendel A vida de Gregor Johann Mendel (1822-1884) cobriu metade do século XIX. Seus pais eram fazendeiros na Moravia, então uma parte do império Hasbsburg na Europa Central. […]. Aos 21 anos Mendel deixou a fazenda e entrou para um monastério católico na cidade de Brünn (hoje Brno, República Tcheca). Em 1847, ele foi ordenado padre, adotando o nome de Gregor. Subsequentemente ele lecionou na escola local, fazendo um intervalo entre1851 e 1853 para estudar na universidade de Viena. Após retornar a Brünn, retomou sua vida de monge e professor e começou seus experimentos genéticos que por fi m o tornaram famoso. […]. Completou seus experimentos com ervilhas em 1863, e passou os dois anos analisando e resumindo dados. Em 1865 apresentou seus resultados à sociedade de história natural local, e no ano seguinte publicou um relato detalhado nos anais da sociedade. Infelizmente, sua publicação fi cou na obscuridade até 1900, quando foi redescoberta. […] As ideias de Mendel, rapidamente, ganharam aceitação, especialmente pelos esforços promocionais de biólogo britânico, William Bateson (SNUSTAD; SIMMONS 2001, p. 48). Figura 3 - Gregor Mendel Fonte: www.cienciahoje.pt/index.php?oid=3731&op=all Figura 4 - Representação esquemática do princípio da segregação proposto por Mendel Fonte: Elaborada pela Autora do fascículo Princípios Genéticos da Genética Forense | unidade 1 19 Nessa figura, podemos observar que o pai (quadrado azul) tem o genótipo homozigoto 13-13 para o primeiro marcador e 26- 27 (heterozigoto) para o segundo marcador, enquanto a mãe (círculo vermelho) apresenta o genótipo 10-11 e 22-23. Portanto, a informação do filho é composta por 50% de informação de cada genitor. Traduzir essa informar em números ou símbolos, através demarcadores moleculares é, portanto, fazer a leitura do perfil genético do indivíduo. Ou seja, os três indivíduos da Figura 4 possuem os seguintes perfis genéticos para os marcadores A e B (Tabela 1). Tabela 1 - Perfil genético para os marcadores A e B Indivíduo Marcador A Marcador B Pai 13-13 26-27 Mãe 10-11 22-23 Filho 10-13 22-26 Fonte: Elaborada pela Autora do fascículo Assim, Snustad e Simmons (2001) nos dizem: Cada gene do genoma existe em diferentes estados alélicos, e se, for enfocado um determinado gene, um indivíduo diploide é homozigoto ou heterozigoto. Em uma população de indivíduos, podemos calcular as frequências dos diferentes tipos de homozigotos e heterozigotos de um gene, e por estas frequências podemos avaliar a frequência de cada um dos alelos dos genes. Estes cálculos são a fundação da teoria da genética de populações (SNUSTAD; SIMMONS, 2001 p. 678). Uma vez conhecido o perfil da pessoa, podemos aplicar princípios da genética de populações tal como o estudo de frequência alélicas para determinar por exemplo, a paternidade de uma criança. ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA20 Polimorfismos de DnA: marcadores moleculares Estudar genética de populações pode em alguns momentos pode parecer uma grande “sopa de letrinhas” devido à grande quantidade de acrônicos existente. A seguir comentaremos sobre alguns tipos de polimorfismos importantes no estudo da Genética Forense. O tamanho do genoma varia muito entre os diferentes tipos de organismo e pode variar desde 400 pares de bases (pb) em partículas semelhantes a vírus a mais de 1011 pb em algumas plantas. O genoma humano possui cerca de 3 bilhões de pares de bases sendo o cromossomo 1 o maior com 250 milhões de pb. Desse total de bases, apenas uma pequena porcentagem é responsável pela formação de genes (LANDER, et al., 2001). Aproximadamente, 50% de todo o genoma humano é composto por DNA repetitivo (LANDER, et al., 2001) que ao longo do tempo acumulou variação genética. Quando duas sequências de DNA contidas na mesma região são comparadas e dois nucleotídeos diferentes são encontrados em uma mesma posição, pode dizer que existe um polimorfismo de nucleotídeo único ou Single Nucleotide Polymorphisms (SNP). Os INDELs (polimorfismos bialélicos de inserção e deleção), muitas vezes são incluídos nos SNPs por apresentarem variação ao nível das bases de DNA que, consistem em um dos alelos apresentar a inserção ou deleção de um fragmento, enquanto o outro alelo apresenta a deleção ou inserção do mesmo fragmento (WEBER et al., 2002) e são chamados de polimorfismos de sequência (Figura - 5a). Já o polimorfismo de tamanho (Figura - 5b) são segmentos genômicos onde um tipo de sequência de DNA se repete várias vezes, como se estivesse gaguejando (onde estão incluídos os STRs). Na Figura 5b podemos observar que a primeira fita apresenta 5 repetições AATG enquanto a segunda fita apresenta apenas 3. Visando facilitar a leitura e interpretação desses dados, o perfil é lido de acordo com a quantidade de repetições e não pelas bases que compõe a repetição. Ou seja, a Figura 5b tem um perfil 3-5. A grande maioria dos exames de vínculo biológico e identificação forense abordam os STRs localizados em cromossomos autossômicos e Princípios Genéticos da Genética Forense | unidade 1 21 no cromossomo Y, sendo a análise de marcadores do cromossomo X algo ainda recente. A análise de DNA mitocondrial também é empregada, porém com uma metodologia diferenciada. Figura 5a e 5b - Representação esquemática de polimorfismos de DNA: (a) polimorfismo de sequência, (b) polimorfismo de tamanho Fonte: Adaptada de BUTLER, 2005 Microssatélites ou STRs Atualmente, os mais utilizados para a Genética Forense são os microssatélites ou STRs (do inglês Short Tandem Repeat). Os microssatélites são abundantes no genoma humano, podendo ser encontrados nos cromossomos autossômicos e sexuais, correspondendo a aproximadamente 3% do genoma humano. Calcula-se que existam aproximadamente de 5.000.000 STRs dos quais 6.000 a 10.000 são tri ou tetranucleotídicos, ou seja seu motivo repetitivo é composto de 3 ou 4 nucleotídeos respectivamente (PINHEIRO, 2010). Os STRs tornaram-se marcadores genéticos extremamente úteis, devido apresentarem as seguintes características: • Encontram-se abundantemente distribuídos por todo o genoma, tendo sido encontrados em todos os autossomos e nos cromossomas sexuais (BENNET, 2000); • Apresentam elevado grau de polimorfismo de tamanho (BUTLER, 2005); ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA22 • São marcadores seletivamente neutros, uma vez que não se expressam (exceto uma minoria localizada em éxons) (BUTLER, 2005); • As metodologias estatísticas de tratamento de dados usando estes loci estão bem estabelecidas (DESMARAIS et al., 1998); e • O pequeno tamanho dos STRs (≈ 100–400 bp) torna-os mais apropriados para amplifi cação por PCR (Polymerase Chain Reaction) (BUTLER, 2005). Como os produtos de amplifi cação são pequenos, muitos loci podem ser analisados simultaneamente e caracterizados em uma única reação em multiplex. SNP Os SNPs do inglês Single Nucleotide Polymorphisms, os polimorfi smos únicos de sequência, são o tipo de variação genética mais comum no genoma humano, ocorrendo aproximadamente um a cada mil nucleotídeos. Os SNPs são caracterizados quando duas sequências de DNA(indivíduos diferentes) contidas na mesma região são comparadas e dois nucleotídeos diferentes são encontrados em uma mesma posição (FIGURA 7). Note que a sequência é igual em todas as bases e a diferença marcada com o círculo é na posição 13. A fi ta número 1 apresenta uma Citosina e a fi ta 2 uma Adenina. Estas variações em sequência podem ser manifestadas como regiões de alelos alternativos causados geralmente por substituições de bases, sendo que a maioria é mera mutação pontual. Figura 6 - Representação esquemática do polimorfi smo do tipo polimorfi smos únicos de sequência – SNP Fonte: Elaborada pela Autora do fascículo Princípios Genéticos da Genética Forense | UNIDADE 1 23 Apesar dos STRs serem os marcadores de eleição mundialmente utilizados o interesse pelos SNPs na área de genética forense é crescente. Esse interesse é devido a características que os tornam muito apropriados para os estudos forenses: • Adequados para análises utilizando alta tecnologia e automação; • O tamanho reduzido do amplicon (segmento de DNA amplifi cado) (KIDD et al., 2006) o que possibilita ensaios em multiplex. Entretanto, os SNPs têm como limitação a necessidade de utilização de quatro vezes mais marcadores do que os STRs, em análises de identifi cação na área forense (CHAKRABORTY et al., 1999; GILL, 2001), sendo necessária a averiguação de aproximadamente 50 a 60 SNPs para a obtenção de um poder de discriminação equivalente a aquele obtido com os sistemas multiplex de 15 STRs (AMORIM; PEREIRA, 2005; GILL et al., 2004). Amorim e Pereira (2005) levantam ainda o fato de que as metodologias estatísticas para utilização de SNPs ainda apresentam algumas imprecisões que devem ser resolvidas antes de uma substituição de STRs por SNPs. Indel Os polimorfi smos do tipo indels são abundantes no genoma humano. Um Indel é caracterizado quando ao copáramos duas sequências de DNA (indivíduos diferentes) contidas na mesma região uma sequência apresenta adições e a outra, deleções de bases (Figura 7). Note que a fi ta número 2 (a que possui a deleção) é menor que a fi ta número 1. Essa diferença de tamanho é que é utilizada para distinguir os alelos. Figura 7 - Representação esquemática do polimorfi smo do tipo inserção deleção – Indel Fonte: Elaborada pela Autora do fascículo ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA24 Estima-se que eles sejam responsáveis por aproximadamente 16-25% de todos os polimorfismos de sequência do genoma (MILLS et al., 2006). Apenas nos últimos anos marcadoresdo tipo Indels têm recebido a atenção. Weber et al. (2002) no início dos anos 2000, identificaram e caracterizaram 2.000 Indels humanos que variavam muito em comprimento de alelos, na altura foi observado e destacada a utilidade de Indels para estudos genéticos, com referência à sua abundância e facilidade de análise. Nos últimos dez anos começaram a aparecer trabalhos específicos de indels, demonstrando sua utilidade para diferentes fins, como por exemplo, a identificação individual (PEREIRA et al., 2009). Resumo Nesta Unidade, estudamos o genoma humano como o conjunto da informação genética de um indivíduo pode ser divido em dois grandes genomas: o genoma nuclear (cromossomos autossômicos e sexuais (X e Y), e o genoma extra nuclear representado pelo DNA mitocondrial (mtDNA). Esse genoma é o objeto de estudo da Genética Forense, visando a identificação individual e também os testes de vínculo biológico. A genética de populações é fundamental na Genética Forense, porque pois é a responsável pelo entendimento da variação genética, pois essa variabilidade presente no DNA é o que faz de nós seres humanos (exceto gêmeos monozigóticos) indivíduos geneticamente únicos. Essa variação pode ser medida através de marcadores genéticos, presentes no DNA. Alguns tipos de polimorfismos presente no DNA são amplamente estudados pela Genética Forense, são eles: STRs, SNPs e INDELs. Os mais usados em estudos forenses são os STRs ou microssatélites por serem fáceis de manipular. Princípios Genéticos da Genética Forense | UNIDADE 1 25 Atividade de aprendizagem 1 Quais são as possíveis fontes de DNA utilizadas na determinação de vinculo biológico? 2 O crossing-over ou recombinação é um processo natural que ocorre durante o ciclo de divisão celular, vários geneticistas enfatizam sua importância, sendo assim comente a importância desse processo para a genética. 3 Comente sobre os tipos de herança genética que podemos identifi car em seres humanos 4 Qual a importância da genética de populações para a Genética Forense. 5 Diferencie: a) Polimorfi smo b) Microssatélite c) SNP d) Indel 6 Defi na Perfi l Genético. ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA26 7 Analise a Figura abaixo, nela é mostrado o perfi l de 4 indivíduos e dois deles disputam a paternidade da criança. Baseado nas informações sobre segregação de alelos e como ler o perfi l genético, preencha a tabela com os perfi s genéticos e responda quem é o verdadeiro pai da criança Indivíduo Marcador 1 Marcador 2 Marcador 3 Marcador 4 Mãe Filho Suposto pai A Suposto pai B Referências BENNETT, P. Demystifi ed Microsatellites. Journal of Clinical Pathology: Molecular Pathology. v. 53, p. 177–183, 2000. BUTLER, J.M. Forensic DnA Typing-Biology, Technology, and Genetics of STR Markers. London: Elsevier Academic Press, 2005. CHAKRABORTY, R. et al. The utility of short tandem repeat loci beyond human identifi cation: implications for development of new DNA typing systems. Electrophoresis, v. 20, p. 1682–96, 1999. Princípios Genéticos da Genética Forense | unidade 1 27 DESMARAIS, D. et al. Development of a highly polymorphic STR marker for identity testing purposes at the human androgen receptor gene (HUMARA). Journal of Forensic Sciensic, n. 43, p. 1046–1049, 1998. ELLIS N, GOODFELLOW PN. 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SKALETSKY H, Kuroda-Kawaguchi T, Min PJ, et al. The male-specific region of the human Y chromosome is a mosaic of discrete sequence classes. nature, v. 423, p. 825–837, 2003. SNUSTAD, DP; SIMMONS, MJ. Fundamentos de Genética. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan S.A, 2001. WEBER, J. L. et al., Human Diallelic Insertion/Deletion Polymorphisms. American Journal of Humam Genetics, n. 71, p. 854–862, 2002. Un id ad e Objetivos Revisando Conceitos de Biologia Molecular • Reconhecer as ferramentas biológicas/experimentais utilizadas na manipulação do DNA para obtenção de perfis individuais; • Compreender as estratégias utilizadas na manipulação do DNA para obtenção de perfis individuais. Introdução Extração de DNA, PCR, genotipagem são técnicas conhecidas e amplamente utilizadas na rotina da Genética e Biologia Molecular para diversas finalidades, como por exemplo identificar, isolar e multiplicar genes. Para a Genética Forense sua importância também é reconhecida uma vez que essas técnicas são a base da aquisição do perfil genético que posteriormente será utilizado para a comparação evidência/ suspeito; montagem de bases de dados populacionais e elaboração do laudo pericial. Extração de DnA A análise do DNA tornou-se o método padrão em Genética Forense usados em vários laboratórios, a maioria para perícia na Genética Forense (CARRACEDO; SÁNCHEZ-DIZ, 2005). Para a análise de manchas e pelos e identificação individual e de vínculos biológico é necessário obter a informação contida no DNA. ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA30 A obtenção de bons perfis de amostras forense depende da qualidade e a quantidade de DNA que é recuperado a partir da amostra em questão. É frequente na perícia forense a obtenção de vestígios que são amostras difíceis de trabalhar pois contém pequenas quantidades de DNA e que podem ter sofrido estresse ambiental. (degradação do DNA). A eficiência e sensibilidade do procedimento de extração são parâmetros críticos que definem a adequação de um método de extração adequado para amostras forenses. (KÖCHL, et al 2005). Segundo Goodwin et al. (2007), a extração do DNA tem dois objetivos principais: • Extrair DNA em quantidade suficiente a partir de uma amostra para efetuar o perfil de DNA; • Extrair DNA suficientemente puro para posterior análise - o nível de dificuldade depende muito da natureza da amostra; A extração do DNA pode ser dividida em três fases (GOODWIN et al, 2007): • Ruptura das membranas celulares, resultando na análise celular; • Desnaturação da proteínae, finalmente; • Separação de DNA dos outros componentes celulares. A seguir comentaremos, rapidamente, sobre alguns dos principais métodos de extração utilizados na prática forense. Fenol-Clorofórmio É o método mais conhecido de extração, podendo ser considerado um método clássico. Em geral, este método envolve a ruptura e análise do material, digestão de componentes da célula e remoção de contaminantes por solventes orgânicos. O DNA é finalmente recuperado por álcool e precipitação de sais com subsequente reidratação (KÖCHL, et al., 2005). Apesar de muito Revisando Conceitos de Biologia Molecular | Unidade 2 31 conhecido, esse método vem sendo abandonado devido a utilização do fenol, substância que pode ocasionar danos à saúde de quem o manipula. Chelex® 100 Foi uma das primeiras técnicas de extração adotadas pela comunidade forense. Sua principal vantagem é que é rápido (dura aproximadamente 1 hora) e fácil de desenvolver. É baseado em uma enzina que tem afinidade por metais iônicos (GOODWIN et al., 2007). A Figura 1 mostra o procedimento laboratorial, para extração com Chelex. Figura 1 - Extração com Chelex Fonte: Goodwin et al., 2007 Reação em cadeia da Polimerase A PCR: reação em cadeia da polimerase, resumidamente, é uma técnica que permite a amplificação de um fragmento de DNA específico, utilizando a enzima Taq DNA polimerase, sequências iniciadoras específicas (primers) e variações de temperatura controladas (Figura 2). Observe: • A PCR explora características da replicação do DNA, e reproduz esse processo natural no laboratório. As principais vantagens da PCR são: ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA32 • Amplifi ca região específi ca; • Número de cópias da região específi ca aproximadamente dobra a cada ciclo; • É uma técnica relativamente simples; e • Pode ser realizada a partir de quantidades pequenas de DNA. Os componentes principais da PCR são apresentados na Figura 2. Para que ocorra a PCR, são necessários ciclos de mudança de temperatura sendo três etapas principias (Figura 3): • Desnaturação: em altas temperaturas (entre 92 a 95º C) para que ocorra a separação da dupla fi ta do template em duas fi tas simples; • Anelamento: ocorre com temperaturas que podem oscilar de 50 a 65º C é o momento onde os primers ligam-se em locais específi cos do DNA molde. A temperatura de anelamento depende da constituição do primer; • Extensão: geralmente ocorre a 72º C, nesse momento a DNA Taqpolimerase usa os dNTPs e os adiciona a nova fi ta de acordo com a regra de pareamento (A-T, C-G), é o momento onde a nova fi ta cresce; e • Ciclos: conjunto de variações de temperatura, geralmente ocorrem de 30 a 37 ciclos. Graças a PCR à amplifi cação de amostras limite (pequenas quantidades, material degrado) tornou-se possível. Figura 2 - Representação dos elementos necessários para a realização de uma reação em cadeia da polimerase Fonte: adaptado de Campbell e Farrell 2007; Snustad e Simmons, 2001 Revisando Conceitos de Biologia Molecular | UNIDADE 2 33 A PCR é um método utilizado para produzir grandes quantidades de um determinado fragmento de DNA, que depende de reações enzimáticas (taq polimerase) permitindo a análise de amostras degradadas e em pequenas quantidades. ∞ 1 Hold 94.0 94.0 59.0 72.0 60.0 4.065:001:001:00 1:0011:00 3 Temp - 28 Cycles 2 Holds Figura 3 - Representação de um típico programa de PCR Fonte: Goodwin et al., 2007 Arqueobactéria Thermus aquaticus (TaqPolimerase) Dentro da classifi cação biológica existe um grupo de organismos chamados arqueobactérias ou bactérias primitivas. A maioria das diferenças entre arqueobactérias e os demais organismos está nas suas características bioquímicas. As arqueobactérias vivem em ambientes extremos como o entorno de fontes termais no fundo do mar, sob pressões extremas e a temperaturas superiores a 100 ºC, sendo chamadas algumas vezes de extremófi las. Como exemplo desses organismos temos a Thermus aquaticus que exigem altas temperaturas e condições acidas para crescerem: geralmente 80ºC a 90 ºC e pH 2. Já que essas bactérias podem viver sob tais condições suas enzimas também são capazes de as suportar. Reações que exigem grandes variações de temperatura como a PCR, onde a maioria das enzimas perderiam sua capacidade em pouco tempo, são diretamente benefi ciadas. No caso da reação em cadeia da polimerase o que tornou possível sua automatização foi a descoberta de bactérias como a Thermus aquaticus da qual foi extraída uma polimerase resistente ao calor a Taq polimerase. Por esse motivo representantes da indústria da biotecnologia buscam por esses organismos em fontes termais e vulcões submarinos, visando a utilização das enzimas produzidas por eles. Campbell e Farrell (2007). Figura 4 - Fonte termal no parque de Yellowstone, nos Estados Unidos Fonte: Campbell e Farrell (2007) ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA34 PCR Multiplex A reação em cadeia da polimerase em multiplex é uma amplificação simultânea de múltiplos marcadores em uma única reação. Essa metodologia é vantajosa, pois permite: • A utilização de uma menor quantidade de amostra e à amplificação de um grande número de marcadores (BUTLER, 2005), importante na análise de vestígios encontrado em cena de crime; • Diminui o trabalho laboratorial; e • Diminui a quantidade de reagentes necessários, o que o contribui para um menor custo dos exames genéticos a comunidade. Existem kits comerciais utilizados na prática forense que amplificam ao mesmo tempo 16 STRs como o Identifiler (Applied Biosystems) e o Power Plex 16 (Promega Corporation). A quantidade de loci em um ensaio de PCR Multiplex é variável, podendo apresentar poucos loci ou até mesmo 38 (Figura 5) espalhado ao longo de todos os cromossomos como no caso do Indel-plex desenvolvido por Pereira (et al., 2009). É também possível desenvolver sistemas de amplificação em multiplex para loci contidos no mesmo cromossomo como por exemplo, marcadores no cromossomo Y e no cromossomo X (BECKER et al., 2008) como mostrado na Figura 5. Figura 5 - Eletroferograma de um multiplex com 38 marcadores do tipo Indel Fonte: Pereira et al., 2009 Revisando Conceitos de Biologia Molecular | Unidade 2 35 Figura 6 - Representação esquemática do Mentype Argus X-8 com capacidade amplificar 8 marcadores presentes em um mesmo cromossomo. A escala em pares de base indica os intervalos de tamanho esperados dos alelos Fonte: Adaptado de Becker et al., 2008 Eletroforese capilar Após a reação de PCR é necessário separar os componentes amplificados. Os primeiros sistemas de detecção de produtos da PCR após a eletroforese aconteciam em gel de poliacrilamida, utilizando coloração de prata, ou gel de agarose com coloração por brometo de etídio (GOODWIN et al., 2007). Apesar de ainda serem utilizados nos laboratórios de Genética e Biologia Molecular esses géis apresentam uma limitação quanto a quantidade de loci que podem ser amplificados em uma reação e principalmente quanto a capacidade de separação e correta identificação de alelos (STRs por exemplo podem apresentar mais de 10 alelos diferentes). Devido á grande quantidade de diferentes alelos que pode existir em um marcador e da realização de PCR multiplex, a comunidade forense adotou a marcação por fluorescência de produtos de PCR seguida de detecção desses fluorocromos. Para tal procede-se a uma eletroforese capilar em um sequenciador automático (Figura 7). As moléculas de DNA migram de acordo com o seu tamanho, sendo que as moléculas maiores migram mais lentamente menores. Ao atingirem a câmara de passagem de laser a fluorescência é detectada e a leitura realizada. ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA36 Figura 7 - Partes constituintes do sequenciador automático Fonte: Amaral et al., 2012 Detecção dos fragmentos Uma das características essenciais a um bom marcador é ser muito polimórfico,ou seja, ter muitos alelos. Entretanto, essa quantidade grande de alelos pode dificultar a leitura correta do perfil genético. Atualmente, a leitura é feita através de software que converte o fragmento de DNA em um alelo e atribui-lhe um nome (essa nomenclatura é regulamentada e seguida no mundo todo). Para que ocorra a correta leitura do perfil, a genotipagem fez-se por comparação com o perfil genético de ladders alélicos (Figura 8), que é uma reunião de todos os alelos conhecidos para um determinado marcador (GOODWIN et al., 2007). Revisando Conceitos de Biologia Molecular | Unidade 2 37 Figura 8 - Eletroferograma mostrando o ladder alélico para o marcador STR DXS6809 Fonte: Elaborada pela Autora do fascículo Marcadores de Linhagem Apesar de estarem localizados em regiões diferentes da célula, o cromossomo e o DNAmt apresentam uma importante característica em comum. São marcadores de linhagem. São transmitidos de forma íntegra do genitor para a prole. No caso do Y de pai para filho e no caso do DNAmt da mãe para os filhos independente de sexo (o homem não transmite DNAmt). Cromossomo Y O cromossomo Y é o menor cromossomo humano (LANDER et al., 2001). É o principal responsável pela determinação do sexo masculino da espécie humana. Exceto regiões PAR1 e PAR2, o cromossomo Y não sofre recombinação. Portanto, ele funciona como uma entidade haplóide que permite determinar uma linhagem paterna. Desta forma, ele é transferido intacto de pai para filho preservando sua história, a não ser pela acumulação gradual de mutações (JOBLING et al., 1997). Apesar de ser um cromossomo pequeno diferentes tipos de polimorfismos estão presentes no cromossomo Y: duplicações, inserções / deleções (Indels), Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs) e microssatélites. O que faz dele uma boa ferramenta para estudos evolutivos e também forenses (GOMES, 2011). ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA38 Muitos trabalhos já foram publicados caracterizando marcadores presentes no cromossomo Y, existindo inclusive orientações acerca da quantidade mínima desses marcadores para a validação de uma amostra forense. O Y-STR Haplotype Reference Database, é uma base de dados internacional que acumula informações sobre o cromossomo Y, estabeleceu a utilização de um conjunto 9 Y-STR (microssatélite presente no cromossomo Y) era identifi cação humana. Posteriormente mais dois STR foram adicionados. Revistas científi cas da área já chegam a pedir um mínimo de 17 Y-STR para publicação de dados com o cromossomo Y (CARRACEDO et al., 2014). Magalhaes et al. (2006) afi rmam que o estudo dos Y-STRs pode ser utilizado em testes de identifi cação humana, incluindo análises forenses que evidenciem abuso sexual; condução de investigações de pessoas desaparecidas; testes de paternidade defi cientes; localizar questões históricas; suplementando questões genealógicas, demonstrando a diversidade de aplicações e estudo para esse cromossomo. Analisemos, o exemplo a seguir (Figura 9). O teste de parentesco a ser realizado é o de paternidade, entretanto o suposto pai já é falecido. Como a relação em questão é pai-fi lho podemos utilizar a característica de herança uniparental masculina que o cromossomo Y apresenta. Como o pai doa integralmente seu cromossomo ao fi lho, os dois possuem o mesmo perfi l. Note que o irmão e pai do investigado ainda estão presentes e considerando a mesma característica também compartilham o mesmo perfi l genético. Nesse caso, é possível genotipar para o cromossomo Y ou o pai, ou o irmão do investigado e comparar o perfi l encontrado com o do requerente do teste de paternidade. Figura 9 - Representação esquemática de um teste de paternidade onde o suposto pai é falecido Fonte: Elaborada pela Autora do fascículo Revisando Conceitos de Biologia Molecular | UNIDADE 2 39 DNA mitocondrial O DNA mitocondrial (mtDNA) é um genoma circular pequeno de dupla cadeia (Figura 10), localizado dentro das mitocôndrias no citoplasma da célula. Cada célula humana contém centenas de mitocôndrias e milhares de cópias de mtDNAs (WALLACE, et al., 1999). O genoma mitocondrial é composto por uma região codifi cante com cerca de 15500 pb e uma não codifi cante com 1100 pb. A região não codifi cante pode ser chamada de região controle ou hipervariável e está dividida em HVI e HVII (Figura 10), onde encontram-se os segmentos com maior variabilidade do genoma mitocondrial. O mtDNA humano foi sequenciado na totalidade pela primeira vez em 1981 no Frederick Sanger’s Laboratory, Cambridge, Inglaterra. O trabalho foi publicado na revista Nature. Figura 10 - Representação da molécula de DNA mitocondrial Fonte: Wallace et al 1999 O mtDNA constitui uma herança estritamente materna, (PINHEIRO, 2010) ou seja, indivíduos do sexo masculino recebem o mtDNA das mães, mas não o transmitem aos descendentes isso é devido ao fato de que durante a fecundação o espermatozoide não contribui com mitocôndrias. O óvulo fecundado retém apenas as que estavam presentes no oócito (WALLACE et al., 1999). http://ystr.charite.de http://www.cstl.nist. gov/biotech/strbase/ Nesses links vocês encontraram mais informações sobre os marcadores. Cada mitocôndria tem 4 a 5 moléculas de mtDNA, podendo variar de 1 a 15 (WALLACE et al., 1999), o que aumenta consideravelmente a quantidade de DNA disponível. Possui menor suscetibilidade a degradação por exonucleases por ser circular e estar contido em uma organelo de membrana dupla, revelando sua vantajosa importância em análises forenses ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA40 Em Genética Forense, o mtDNA pode ser usado nos seguintes casos: • Análise de amostras inapropriadas para investigação com DNA nuclear como: pelos sem raiz, tecidos muito degradados, vestígios esqueléticos; • Parentescos - testes de maternidade, irmãos (filhos da mesma mãe) e avós por via materna. Devido a isso estão quase sempre presentes em situações que envolvam crimes violentos, atos de terrorismo, pessoas desaparecidas, desastres em massa. Resumo Nesta Unidade, estudamos como uma boa extração de DNA é fundamental para que todo o processo a seguir seja realizado. Um método de extração muito conhecido é o fenol-clorofórmio que, ultimamente, vem sendo abandonado devido os riscos a saúde. De posse de uma boa amostra de DNA é possível passar ao seu processamento isso se faz inicialmente realizando a PCR (reação em cadeia da polimerase), ela pode ser realizada com diferentes tipos de marcadores e/ou primers iniciadores. A comunidade forense utiliza-se da PCR multiplex para amplificar em uma única reação muitos loci ao mesmo tempo utilizando uma pequena quantidade de DNA. Posteriormente, é necessária a separação e detecção desses fragmentos para obtenção do perfil genético, isso é feito em sequenciador automático. Afim de que os alelos sejam corretamente identificados são desenvolvidos para cada um dos marcadores ladderes alélicos. Os marcadores de linhagem estão presentes no cromossomo Y e no DNAmt recebem esse nome por serem transmitidos de forma íntegra do genitor para a prole. No caso do cromossomo Y o pai transmite aos filhos do sexo masculino a informação idêntica, exceto no caso de mutação. Já o DNAmt é transmite da mãe para os filhos independentes de sexo. Revisando Conceitos de Biologia Molecular | UNIDADE 2 41 Atividades de aprendizagem 1 Diferencie PCR e PCR multiplex. 2 Qual a importância de um ladder alélico? 3 O que são marcadores de linhagem? 4 Caracterize: a) Herança paterna b) Herança materna Referências AMARAL CB, SILVA DB, BANARI AC, SENO LO, CRISOLIA AB. Discriminação alélica em ovinos naturalizados do Pantanal Sul-Matogrossense por meio de marcadores microssatélies. J. Selva Andina Res. Soc. v. 3, 2012. BECKER D, Rodig H, AUGUSTIN C, et al. 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Sendo assim, a população em geral tem alguma noção sobre as possíveis aplicações do DNA e o termo Forense já não é tão desconhecido. Nesta Unidade, comentaremos sobre algumas aplicações da genética forense. O geneticista forense O trabalho do geneticista forense pode variar muito, de acordo com o laboratório e país em que trabalha ele pode ter que analisar material ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA44 recuperado de uma cena de crime, testes de paternidade e identifi cação de restos humanos. O papel do geneticista forense dentro do processo de investigação é comparar amostras recuperadas da cena de crime com suspeitos, resultando em um relatório que pode ser apresentada em juízo. A fi gura 1 resume as atividades desenvolvidas por um geneticista forense. A sensibilidade e poder probatório dos perfi s de DNA tiveram impacto sobre a forma como as cenas de crime são investigados. Atualmente, com a popularização do conhecimento forense os criminosos tendem a ser mais cuidados na cena de crimes, pois apenas algumas células são necessárias para que seja feita a analise ao DNA. O corpo humano é composto de trilhões de células e a maioria deles contêm um núcleo, local onde fi ca concentrada a molécula de DNA mais utilizada. Uma grande variedade de material celular pode ser recuperada de cenas de crime. Tais como: sangue, sémen, cabelo puxado os cabelos (contendo raízes), células epiteliais, saliva, caspa, roupas, bitucas de cigarro, urina, vômito, fezes etc (GOODWIN et al., 2007). E, também material sem núcleo como fi os de cabelo (sem raízes), entrando em cena a analise ao DNA mitocondrial. Figura 1 - O papel do geneticista forense Fonte: Adaptado de Goodwin et al. (2007) A análise do material biológico utilizado em Genética Forense deve seguir um rigoroso caminho até a confecção do laudo. Esse processo é interdisciplinar e podendo contar com a presença de mais de dois ou mais profi ssionais. Normalmente ela segue um protocolo como o descrito na Figura 2 a seguir (PINHEIRO, 2010; FERREIRA, 2014): Aplicações da Genética Forense | UNIDADE 3 45 Figura 2 - Representação esquemática do caminho percorrido pela amostra até a confecção do laudo pericial Fonte: Adaptado de (PINHEIRO, 2010; FERREIRA, 2014) Um problema que pode atrapalhar a aquisição de um bom perfi l genético é a contaminação e a degradação do DNA. O DNA tem uma boa resistência ao calor, pois mantém sua integridade até aproximadamente 100ºC, o segundo agente de degradação da são enzimas produzidas principalmente por fungos e bactérias. A contaminação de material biológico com material de outra fonte, é uma possibilidade muito real, até mesmo um ofi cial de polícia na cena de crime pode fazê-lo o que compromete a qualidade da amostra, do laudo e diminui perante um tribunal a validade da evidência, devido a isso é recomendado o uso de luvas, jalecos (Figura 3). Figura 3 - Exemplo de vestimenta adequada para evitar a contaminação da cena do crime durante a recolha de amostras Fonte: Goodwin et al. (2007) ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA46 Um pouco de história Segundo Snustade Simmons(2001), o DNA foi usado pela primeira vez como evidência em um crime 1988 em um caso de estupro. O suspeito foi acusado por dois estupros sendo que no primeiro caso um juiz da Florida não permitiu a utilização dos dados genéticos. Três meses depois no segundo julgamento o promotor apresentou as evidências genéticas munidos de levantamento populacional adequado. “A análise mostrou que o fi ngerprint preparado de DNA do sêmen recuperado da vítima tinha a probabilidade de cerca de 1 em 10 bilhões de coincidir com o fi ngerprint do suspeito apenas por acaso.” A fi gura 4 mostra como eram os testes de DNA utilizados naquela época, como era uma ciência recente e as técnicas de biologia molecular estavam ainda afl orando, os testes eram realizados com marcadores VnTRs ou minissatélite uma estrutura repetitiva composta por um número maior de pares de bases que o microssatélite. É nítido, mesmo para quem não tem muita experiência, que a amostra combina com o suspeito número 1 (Figura 4). Figura 4 - Fingerprint de DNA produzido a partir de uma amostra obtida no local do crime. As setas indicam os fragmentos de DNA do suspeito 1 não presentes nos suspeitos 2 e 3 Fonte: Snustad e Simmons (2001) VnTRs: número variável de repetições em tandem. Uma sequência curta de DNA que está presente como repetições em tandem e em número de cópias altamente variável. Aplicações da Genética Forense | UNIDADE 3 47 Fingerprints de DnA Como comentado anteriormente, para fazermos a caracterização de uma amostra de material biológico são utilizados polimorfi smos de DNA, também chamados de marcadores genéticos que, neste caso, estão presentes nas regiões não codifi cantes do genoma humano. Aproximadamente, 50% de todo o genoma humano é composto por DNA repetitivo (LANDER et al., 2001) que ao longo do tempo acumulou variação genética. Quando esta variação é encontrada em uma frequência superior a 1%da população, denomina-se polimorfi smo (BALASUBRAMANIAN et al.,2004). Segundo Weber et al. (2002), estas sequências polimórfi cas podem ser usadas como marcadores moleculares em estudos populacionais, de identifi cação individual e mapeamento de genes. Inicialmente, os fi ngerprints de DNA eram feitos a partir de ensaio de Southern Blot (Figura 5) e de enzimas de restrição específi ca, onde eram gerados padrões específi cos de bandas (CAMPBELL; FARREL 2007). Esses ensaios eram demorados, devido as várias etapas envolvidas no processamento da amostra. Atualmente, o processamento da amostra é mais rápido, pois existem kits comerciais que auxiliam desde a extração do DNA até a visualização fi nal do perfi l genético. Figura 5 - Representação esquemática do Southern Blot Fonte: Campbell e Farrel (2007) Enzima de restrição: uma enzima que reconhece uma sequência curta e específi ca de DNA e cliva a molécula de DNA no sitio ou próximo a ele. ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA48 O termo Fingerprints de DNA deriva da utilização de impressões digitais, em inglês fi ngerprint, na identifi cação humana. Historicamente, as impressões digitais tiveram um papel central na identifi cação humana durante séculos. Sua utilização parte do pressuposto que duas pessoas não podem possuir a mesma impressão digital (SNUSTAD; SIMMONS, 2001), já a identifi cação genética pressupõe o estabelecimento da individualidade biológica que cada ser humano representa (exceto no caso de gêmeos monozigóticos), e fundamenta- se na exclusividade da molécula de DNA presente em todas as células nucleadas de um indivíduo ao longo da vida (FERREIRA, 2009). Sendo assim, podemos dizer que ao gerarmos um perfi l genético de uma pessoa estamos gerando uma impressão digital de seu DNA. Teste de paternidade É um dos testes mais comumente realizados na prática forense. Consiste em um teste genético que permite excluir um homem aleatoriamente testado como pai biológico de uma criança baseado em incompatibilidades com as regras de transmissão Mendeliana (PINTO et al., 2013). O teste de paternidade pode ser realizado antes mesmo do nascimento da criança, nesse caso, colhe-se uma quantidade de líquido amniótico que contêm células com o DNA do feto e realiza-se o teste de paternidade pré-natal (GOODWIN et al., 2007). A utilização de marcadores genéticos em casos forenses (seja vinculo biológico ou não) necessita de avaliação estatística extensa desses marcadores o que inclui o cálculo de vários parâmetros que posteriormente serão utilizados na elaboração do laudo. São alguns deles: poder de exclusão, poder de discriminação. E índice de paternidade associado. A seguir veremos a defi nição desses termos: a) Poder de discriminação defi nido como a probabilidade de dois indivíduos ao acaso na população terem genótipos diferentes; Gêmeos monozigóticos: gêmeos oriundos de uma única fecundação. Possuem a mesma informação genética. Aplicações da Genética Forense | UnidAde 3 49 b) Poder de exclusão definido como a probabilidade de um siste- ma genético específico possa contribuir para a exclusão de um determinado indivíduo; e c) Índice de paternidade associado indica quantas vezes é mais provável que um indivíduo, que está a ser testado, seja realmente pai biológico do que um indivíduo selecionado aleatoriamente. Primorac et al. (2000), utilizando das leis de Mendel propõem regras para filiação: • A criança não pode ter um marcador genético que está ausente em ambos os pais; • A criança deve herdar um par de marcadores genéticos a partir de cada um dos pais; e • A criança não pode ter um par idêntico de marcadores genéticos a menos que ambos os pais tenham o marcador. Os marcadores de eleição para analise forense são os STRs autossômicos e um dos Kits mais conhecido é o CODIS. Combined DNA Index System (CODIS), é composto por 13 loci autossômicos TPOX, D3S1358, FIBRA ou FGA, D5S818, CSF1PO, D7S820, D8S1179, TH01, vWA, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11 e o gene homólogo da amelogenina(X e Y) para identificação de sexo. Quando os marcadores autossômicos não são suficientes Algumas vezes apenas os marcadores autossômicos não são suficientes para dar a resposta final, o cientista utiliza de outros marcadores como por exemplo, Bobillo et al. (2008) utilizou 10 marcadores do STRs presentes no cromossomo X para resolver dois casos em que a análise de 19 STRs autossômicos foram inconclusivas. O primeiro caso era de ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA50 um incesto (Figura 5) e o segundo caso de paternidade e maternidade (Figura 6). No primeiro caso (Figura 6) os marcadores autossômicos foram capazes de excluir II como o pai de IV, porem no teste de maternidade foi necessária a utilização dos X-STRs, onde III foi excluída em cinco dos 10 sistemas analisados, neste exemplo os marcadores do cromossomo X foram utilizados para elevar os índices de maternidade. Figura 6 - Pedigree mostrando caso de teste de paternidade maternidade Fonte: Adaptado de Bolbilo et al. (2008) O segundo exemplo trata de um caso de incesto (Figura 7) em que o suposto pai já estava falecido. Para este caso, o modo de transmissão particular do cromossomo X em homens permitiu fazer a reconstrução dos perfi s dos progenitores da vítima, por meio dos perfi s de seus irmãos, e após serem detectadas quatro incompatibilidades entre os perfi s do suposto pai e do indivíduo IV foi possível concluir que não houve incesto. Figura 7 - Pedigree mostrando caso de suposto incesto Fonte: Adaptado de Bolbilo et al. (2008) Aplicações da Genética Forense | UnidAde 3 51 Teste de maternidade É possível também a realização do teste de maternidade, esse é feito com os mesmos princípios, porém a probabilidade Matemática muda, já que na grande maioria dos casos também não se tem o DNA do pai (PRIMORAC et al., 2000). Esse teste pode ainda ser realizado via mtDNA uma vez que as mães transmitem a informação genética idêntica para suas filhas. Teste indireto de paternidade Teste indiretos de paternidade ou outro tipo de averiguações de parentesco com genealogias incompletas em que apenas se tem acesso ao material biológico de poucos indivíduos. No caso de irmãs ou meias irmãs por via paterna, onde o suposto pai não está presente, o fato do homem transmitir o cromossomo X intacto as filhas (na ausência de mutação), todas as irmãs partilham obrigatoriamente o mesmo haplótipo do cromossomo X paterno, e os alelos não partilhados entre elas terão obrigatoriamente origem materna. Observe a Tabela 1, nela é possível notar que por possuir apenas um cromossomo X o pai apresenta perfil em forma de haplótipo. Esse haplótipo é facilmente detectado quando olhamos para o perfil das duas mulheres em questão Tabela 2. Ao marcarmos com azul o perfil do pai verificamos que este encontra-se por completo no perfil das filhas confirmando a paternidade. Na tabela 3 mostramos que mesmo que o pai não esteja presente esse parentesco pode ser afirmado, pois elas obrigatoriamente devem compartilhar 50% da informação genética para esse marcador. Tabela 1 - Perfil genético de pai e duas filhas para 11 X-STRs X-STR1 X-STR2 X-STR3 X-STR4 X-STR5 X-STR6 X-STR7 X-STR8 X-STR9 X-STR10 X-STR11 Pai 12 12 19 8 12 30 20 19 12 44,2 16 Filha 1 11 12 19 8 11 30 20 19 12 30 14 12 15 16 18 12 33 23 15 13 44,2 16 Filha 2 10 12 15 8 11 30 20 19 12 31 13 12 13 19 18 12 31 22 19 12 44,2 16 ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA52 Tabela 2 - Perfi l genético do pai encontrado no perfi l duas fi lhas para 11 X-STRs, identifi cado na cor azul X-STR1 X-STR2 X-STR3 X-STR4 X-STR5 X-STR6 X-STR7 X-STR8 X-STR9 X-STR10 X-STR11 Pai 12 12 19 8 12 30 20 19 12 44,2 16 Filha 1 11 12 19 8 11 30 20 19 12 30 14 12 15 16 18 12 33 23 15 13 44,2 16 Filha 2 10 12 15 8 11 30 20 19 12 31 13 12 13 19 18 12 31 22 19 12 44,2 16 Tabela 3 - Perfi l genético de duas mulheres mostrandoque elas são irmãs por via paterna X-STR1 X-STR2 X-STR3 X-STR4 X-STR5 X-STR6 X-STR7 X-STR8 X-STR9 X-STR10 X-STR11 Filha 1 11 12 19 8 11 30 20 19 12 30 14 12 15 16 18 12 33 23 15 13 44,2 16 Filha 2 10 12 15 8 11 30 20 19 12 31 13 12 13 19 18 12 31 22 19 12 44,2 16 Identifi cação individual A identifi cação individual se dá através da comparação de perfi s genéticos por exemplo; um vestígio encontrado na cena de um crime e a informação de um suspeito (PRIMORARC et al., 2000). Nesse caso todo o perfi l deverá ser idêntico nas duas amostras para todos os loci utilizados.Isso deve –se ao fato de que um perfi l genético representa um indivíduo único, exceto em gêmeos monozigóticos. Um fato que marcou o mundo foi o ataque terrorista ao World Trade Center em 11 de setembro de 2001. Essa tragédia exigiu um esforço interdisciplinar para identifi car o maior número possível de restos humanos. Devido ao fato de os corpos recuperados WTC terem fi cado altamente fragmentado, uma única amostra teoricamente poderia representar o único resto mortal de um indivíduo. Para maximizar a precisão da identifi cação do DNA, a New York City Offi ce of Chief Medical Examiner iniciou um projeto interdisciplinar envolvendo antropólogos, médicos legistas, e geneticistas e envolveu área análise de mais de 19.000 restos mortais onde foram encontradas algumas inconsistências. Aplicações da Genética Forense | UnidAde 3 53 Dessa análise, 239 casos e foram submetidos a novos testes genéticos e foram identificadas três novas vítimas, 17 foram pareados a outras vítimas previamente identificadas (BUDIMLIJA et al., 2003). Figura 8 - Ataque terrorista ao World Trade Center em 11 de setembro de 2001 Fonte: http://www.trbimg.com/img-541131d7/turbine/la-na- wtc-911(2001) Identificação de restos mortais A primeira vez que a análise de DNA foi utilizada para identificação de restos mortais foi em 1987, quando restos de esqueletos foram genotipados usando polimorfismos de nucleotídeo único. A identificação de restos mortais pode ser aplicada quando há necessidade de identificação de pessoas mortas em acidentes no ar, fogo, ataques terroristas, desastres naturais e guerra. Os marcadores do tipo STRs são a ferramenta mais utilizada para identificação individual, entretanto devido a degradação do material genético, nesses casos específicos, algumas vezes só é possível a utilização do DNA mitocondrial. ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA54 Resumo Nesta Unidade, estudamos a Genética Forense como uma ciência que deve seguir rigorosas metodologias para que seus resultados sejam confi áveis. Esse cuidado começa desde a recolha das amostras onde deve-se evitar a contaminação do material com o DNA do próprio perito, para isso deve-se usar material de proteção individual adequado. São várias as aplicações possíveis para a Genética Forense, são algumas delas: teste de paternidade, teste de maternidade, identifi cação de restos mortais entre outros. Atividades de aprendizagem 1 Explique como um perito deve proceder para evitar contaminar a cena de um crime. 2 Em casos de analises de restos mortais qual metodologia é geralmente empregada? BALASUBRAMANIAN SP, COX A, BROWN NJ,et al. Candidate gene polymorphisms in solidcancers. EuropeanJournalofSurgicalOncology. v. 30, p. 593–601, 2004. BUDIMLIJA, Z. M. et al. World trade center humanidentifi cationproject: experienceswith individual bodyidentifi cation cases. Croatian Medical Journal, v. 6, p. 259–63, 2003. Aplicações da Genética Forense | UnidAde 3 55 CAMPBELL, MR; FARREL, SO. Bioquímica. São Paulo: Thomson Learning, 2007. CARRACEDO, A. Forensic DnA TypingProtocols. Humana Press. New Jersey, 2005. FERREIRA, S.R.B. Marcadores genéticos do cromossoma X: taxas de mutação e recombinação. 2009. 104 f. Dissertação. (Mestrado em Genética Forense) – Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, Porto, 2009. FERREIRA S.R.B. Investigação forense: uma metodologia para o ensino de Genética. In: ____. Experiências didáticas no ensino de Genética: a biodiversidade e a biotecnologia em foco. 1. ed. São Luís: Editora Uema, 2014 p. 113-126. GOODWIN W, LINACRE A, HADI S. 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U n id a d e Objetivos A Genética Forense, conversando um pouco mais • Reconhecer que a Genética Forense é uma ciência ampla que engloba estudos também com material não humano; • Discutir implicações éticas na utilização da Genética Forense e na criação de bancos de dados genéticos, avaliando o grau de importância dos mesmos. Introdução Nesta reta final, veremos a Genética Forense por um ângulo diferente, pois comentaremos sobre a Genética Forense não humana, abordando como as mesmas técnicas utilizadas em material humano podem ser aplicadas em animais, plantas e até micro-organismos para, por exemplo, garantir ao consumidor a correta composição de produto. Abordaremos também, as bases de dados genéticos: sua criação, possíveis utilizações e também as aplicações éticas envolvidas nesses estudos, além de poder refletir sobre a situação do Brasil em relação a essa ciência. Genética Forense não Humana O testemunho da árvore A execução da lei tem sido rápida ao explorar o poder da tecnologia do DNA recombinante. […], uma juíza do Arizona chamada Susan Bolton estendeu a autoridade forense da ESPECIALIZAÇÃO EM ENSINO DE GENÉTICA58 análise de DNA quando admitiu a análise de uma planta como prova em um julgamento de assassinato. O corpo de uma mulher foi encontrado no deserto do Arizona próximo a uma árvore de palo verde, uma árvore sem folhas típica daquela região. Sementes de palo verde foram encontradas na caçamba do caminhão do suspeito, mas quem poderia dizer exatamente de que árvore elas vieram? A tecnologia do DNA recombinante forneceu a resposta. O padrão de DNA obtido por PCR a partir das sementes combinou perfeitamente com o padrão de DNA da árvore da cena do crime, mas não com os outros testados. As sementes quase que com certeza vieram daquela árvore em particular (INGRAHAM; INGRAHAM, 2010 p.185). Figura 1- Árvore de palo verde(Cercidiumfloridum) Fonte: http://www.treeremoval.com/us/phoenix/#.VZbGTvlViko Os laboratórios de Genética Forense são mundialmente reconhecidos pelo seu trabalho com o material genético humano, entretanto, recentemente, investigações com DNA não humano tem ganhado importância no cenário forense. A análise desse tipo de material vem auxiliando na resolução de casos de crime violentos onde o animal de companhia estava presente, e também em casos de falsificação de produtos alimentares, controle do uso ilegal de espécies protegidas e seus derivados (AMORIM, 2010; FERREIRA, 2014). A Genética Forense, conversando um pouco mais | UNIDADE 4 59 Uma diferença marcante entre Genética Forense humana e a não humana reside em que o foco da identifi cação é o espécie-específi co e não necessariamente a identifi cação individual (IYENGAR, 2014). Isso deve- se ao