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33Biomedicina na prática: da teoria à bancada SUMÁRIO Analisando o resultado: A relação entre a quantidade de DNA e de proteína é usada como parâmetro para avaliação da qualidade do DNA/RNA extraído → grau de pureza = OD 260nm / OD280nm Razão = 1,7 – 2,0 (ideal). 4. PRÁTICA: Duplicação de DNA in vitro: reação de polimerização em cadeia (PCR) A técnica de PCR foi descoberta por Kary Mullis na década de 80, servindo para amplificar exponencialmente o número de cópias de fragmentos de DNA. A PCR tornou-se um divisor de águas nas análises moleculares, pois devido à sua descoberta é possível a análise de mutações, produção de bibliotecas de DNA, análise de expressão gênica, detecção de doenças infectocontagiosas etc. Durante a PCR, alta temperatura é usada para separar as moléculas de DNA em fitas simples e sequências sintéticas de DNA fita simples (20-30 nucleotídeos) servem como primers. Duas sequências diferentes de primers são usadas e delimitam a região-alvo. Para realizar uma reação de PCR, uma pequena quantidade do DNA alvo é adicionada em um tubo teste com um tampão contendo a DNA polimerase termoestável, sequencias de oligonucleotídeos como primers, os 4 desoxirribonucleotídeos trifosfatados (unidades do DNA) e o cofator MgCl2. A mistura de reagentes da PCR é colocada em ciclos de replicação que consistem de: - desnaturação: um a muitos minutos em 94 a 96ºC, durante o qual o DNA é desnaturado em fitas simples; - pareamento ou hibridização, chamado de anelamento: um a muitos minutos, a temperatura deverá ser calculada baseada na sequência de nucleotídeos dos primers (em geral é entre 50 a 65ºC). Nesta etapa os primers pareiam com a sequência complementar em ambos lados das sequências do DNA alvo; - extensão, polimerização: um a muitos minutos a 72ºC durante o qual a DNA polimerase se liga e inicia a extensão (polimerização) da fita complementar a partir da hidroxila (OH-) na extremidade 3´de cada primer. PCR para amplificação do gene VEGF (fator de crescimento vasoendotelial): VEGF Sequência Tamanho do produto Referência Sense 5’ AAGGAAGAGGAGACTCTGCGCAGAGC 3’ 208 pb Barreiro, 2009 Antisense 5’ TAAATGTATGTATGTGGGTGGGTGTGTCTAGAG 3’ Materiais: - Pipetadores de todos os volumes; - Caixas de ponteiras azuis, amarelas e cristal; - Microtubos eppendorf de 2,0 mL e de 0,2 mL; - Estante para microtubos; - Água ultrapura tratada com DEPC (dietilpirocarbonato); - Frasco para descarte; - Isopor com gelo; 34Biomedicina na prática: da teoria à bancada SUMÁRIO - Agitador de tubos do tipo vórtex; - EPIs (Luvas de látex, máscara, avental); - Termociclador; - Enzima taq DNA polimerase; - Primers para o gene VEFG na concentração de 1 nmol; - Desoxirribonucleotídeos trifosfatados na concentração de 10 mM; - Cloreto de magnésio na concentração de 50 mM; - PCR buffer 10X (acompanha a enzima); - DNA; - Microcentrífuga de bancada Procedimentos: 1. Preparar tubos eppendorfs (0,2 ml) numerados ou identificados segundo as amostras; 2. Colocar as amostras de DNA no gelo e os componentes da Mix; 3. Calcular os volumes dos reagentes conforme tabela abaixo: Observação: Preparar a Mix sempre para tubos a mais, por exemplo, para 8 tubos, calcular os reagentes para 10 tubos. Mix inicial (µL) Pós Hot- Start (µL) Água DEPC 32, 8 5,3 PCR Buffer 10X 4 1 MgCl2 50 mM 1,2 0,3 DNTP Mix 10 mM -- 1 Primer Sense -- 1 Primer Antisense -- 1 DNA - pipetar em cada tubo 2 µL -- Taq DNA polim 0,4 VOLUME TOTAL 50 µl 10 µl Dica: Os valores dos volumes acima são para um tubo, lembrar de multiplicar os valores pelo número de tubos para preparar a mix e a pós. 4. Dar um spin em todos os reagentes e no DNA; 5. Preparar a Mix Inicial no tubo de 2,0 mL 6. Adicionar a cada tubo 38 µl da Mix Inicial em cada tubo de 0,2 mL; 7. Preparar a Pós, sem adicionar a enzima Taq Polimerase; 8. Adicionar a cada tubo 2 µl do DNA de cada amostra; Dica: Se pipetar várias amostras, sempre trocar a ponteira. Observe: Cuidado com a contaminação, caso a ponteira encoste fora do tubo troque! 9. Colocar na máquina de PCR localizando o Programa VEGF e pressione: RUN;